Basic Information

Symbol
NRXN1
RNA class
mRNA
Alias
Neurexin 1 KIAA0578 Hs.22998 Neurexin-1 Neurexin I-Alpha Neurexin-1-Alpha Neurexin-1-Beta Neurexin I-Beta Neurexin I PTHSL2 SCZD17
Location (GRCh38)
2:49918503-51225575
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001330078.2
Sequence length
9038.0 nt
GC content
0.4356

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2617.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2788.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2291.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330095.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 8897 nt 0.4354
NM_001330096.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 8828 nt 0.4350
NM_001330097.2 NCBI
GCAGAUUUGCAUAGAGCCCCUUGCUUCACCAGCGUGUGUGGUUUUUCUU… 5619 nt 0.4198
NM_004801.6 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 8948 nt 0.4353
NM_138735.5 NCBI
GCAGAUUUGCAUAGAGCCCCUUGCUUCACCAGCGUGUGUGGUUUUUCUU… 5628 nt 0.4200
Showing 21 to 25 of 25 entries
Summary

This gene encodes a single-pass type I membrane protein that belongs to the neurexin family. Neurexins are cell-surface receptors that bind neuroligins to form Ca(2+)-dependent neurexin/neuroligin complexes at synapses in the central nervous system. This complex is required for efficient neurotransmission and is involved in the formation of synaptic contacts. Three members of this gene family have been studied in detail and are estimated to generate over 3,000 variants through the use of two alternative promoters (alpha and beta) and extensive alternative splicing in each family member. Recently, a third promoter (gamma) was identified for this gene in the 3' region. Mutations in this gene are associated with Pitt-Hopkins-like syndrome-2 and may contribute to susceptibility to schizophrenia. [provided by RefSeq, Aug 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the NRXN1 was identified as a high-confidence gene common between mice and humans within the top 10% of genes related to lifetime alcohol consumption in postmortem prefrontal cortex [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159].