Basic Information

Symbol
NSA2
RNA class
mRNA
Alias
NSA2 Ribosome Biogenesis Factor TINP1 Hairy Cell Leukemia Protein 1 HUSSY-29 HCLG1 Ribosome Biogenesis Protein NSA2 Homolog TGF Beta-Inducible Nuclear Protein 1 NSA2, Ribosome Biogenesis Homolog FLJ94393 NSA2 Ribosome Biogenesis Homolog (S. Cerevisiae) TGF-Beta-Inducible Nuclear Protein 1 TGF-Beta Inducible Nuclear Protein HUSSY29 CDK105 HCL-G1
Location (GRCh38)
5:74766991-74780113
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014886.6
Sequence length
4337.0 nt
GC content
0.3270

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-911.78 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -999.12 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1012.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001271665.2 NCBI
ACUCUUUCCUGUCCCGGCCUGCGUGGUGUGGGCUUGUGGGUCUUUGAGA… 4144 nt 0.3219
NM_001364506.2 NCBI
ACUCUUUCCUGUCCCGGCCUGCGUGGUGUGGGCUUGUGGGUCUUUGAGA… 815 nt 0.4393
NM_014886.6 NCBI
ACUCUUUCCUGUCCCGGCCUGCGUGGUGUGGGCUUGUGGGUCUUUGAGA… 4337 nt 0.3270
Summary

This gene encodes a nucleolar protein involved in cell cycle regulation and proliferation. This gene was identified based on sequence similarity to a highly conserved Saccharomyces cerevisiae gene encoding a pre-ribosomal protein, which is involved in large ribosomal subunit biogenesis. The encoded protein is found at elevated levels in diabetic nephropathy. Alternative splicing results in multiple transcript variants. Several related pseudogenes have been identified. [provided by RefSeq, Nov 2012]

Forensic Context

An in-silico study in humans identified the NSA2 as a diagnostic gene signature for sepsis, with its expression significantly lower in sepsis samples compared to controls in both training and testing datasets [Ye et al. DOI:10.1002/gch2.202400321].