Basic Information

Symbol
NSFL1C
RNA class
mRNA
Alias
NSFL1 Cofactor UBXN2C DJ776F14.1 UBXD10 UBX1 P47 UBX Domain-Containing Protein 2C NSFL1 (P97) Cofactor (P47) NSFL1 Cofactor P47 P97 Cofactor P47 SHP1 Homolog (S. Cerevisiae) UBX Domain Protein 2C SHP1 Homolog
Location (GRCh38)
20:1442162-1473842
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016143.5
Sequence length
2721.0 nt
GC content
0.5141

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-917.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -971.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 826.45
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001206736.2 NCBI
GCUUUGGAAGGCGCACGGGGCGAAGAUGGCGGCGGAGCGACAGGAGGCG… 2727 nt 0.5145
NM_016143.5 NCBI
GCUUUGGAAGGCGCACGGGGCGAAGAUGGCGGCGGAGCGACAGGAGGCG… 2721 nt 0.5141
NM_018839.5 NCBI
GCUUUGGAAGGCGCACGGGGCGAAGAUGGCGGCGGAGCGACAGGAGGCG… 2628 nt 0.5122
Summary

N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF) and valosin-containing protein (p97) are two ATPases known to be involved in transport vesicle/target membrane fusion and fusions between membrane compartments. A trimer of the protein encoded by this gene binds a hexamer of cytosolic p97 and is required for p97-mediated regrowth of Golgi cisternae from mitotic Golgi fragments. Alternative splicing results in multiple transcript variants. A related pseudogene has been identified on chromosome 8. [provided by RefSeq, May 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the NSFL1C in microglia, where it is involved in the protein processing of endoplasmic reticulum pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].