Basic Information

Symbol
NSMAF
RNA class
mRNA
Alias
Neutral Sphingomyelinase Activation Associated Factor FAN GRAMD5 Neutral Sphingomyelinase (N-SMase) Activation Associated Factor Factor Associated With Neutral Sphingomyelinase Activation Factor Associated With N-SMase Activation Protein FAN
Location (GRCh38)
8:58583504-58659959
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003580.4
Sequence length
3574.0 nt
GC content
0.4510

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1064.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1132.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 888.99
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001144772.1 NCBI
AGGUCGGGGUGAGAGGCCGGGGGCCUGGUCUGGGCCGGAGCCUGCCGGG… 3522 nt 0.4435
NM_001412988.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3166 nt 0.4599
NM_001412989.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 2772 nt 0.4607
NM_001412990.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3592 nt 0.4521
NM_001412991.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3730 nt 0.4509
NM_001412992.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3583 nt 0.4505
NM_001412993.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3632 nt 0.4480
NM_001412994.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3595 nt 0.4517
NM_001412995.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3393 nt 0.4565
NM_001412996.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3537 nt 0.4512
Showing 1 to 10 of 21 entries
Summary

This gene encodes a WD-repeat protein that binds the cytoplasmic sphingomyelinase activation domain of the 55kD tumor necrosis factor receptor. This protein is required for TNF-mediated activation of neutral sphingomyelinase and may play a role in regulating TNF-induced cellular responses such as inflammation. Alternative splicing results in multiple transcript variants.[provided by RefSeq, Jan 2009]

Forensic Context

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