Basic Information

Symbol
NSMAF
RNA class
mRNA
Alias
Neutral Sphingomyelinase Activation Associated Factor FAN GRAMD5 Neutral Sphingomyelinase (N-SMase) Activation Associated Factor Factor Associated With Neutral Sphingomyelinase Activation Factor Associated With N-SMase Activation Protein FAN
Location (GRCh38)
8:58583504-58659959
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003580.4
Sequence length
3574.0 nt
GC content
0.4510

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1064.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1132.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 888.99
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.(((..((((..((((.(((((.(.((((.((.((((((((((((((.(((......))))))))))).....((((((((((..((....))..).)))).)))))))))))))))))((((((.(((((..(((((..(((.(.(((((((......)))).))).).))).))))).((((((.((((((((((((.(.((((((((....(((.((((((((.((((((..(((((((((((((.((....)).)))).....((((((((...))))))))))))))))).....(((((((((((.(((((...(((((.(((((..((..(((((.(.((.((.......)).))...).)))))..)))))))...........((((((((........))))))))..(((((...................(((((((.(((((((((((((............((((((((......(((((((....((.(((.((.((.(((...((((((.(((...(((((((.(((..((((((((..........(((((((((......((((.((..............)).)))).......))))))))).....((((((((...(..((((.(((((((((.....)))))..)))).))))..).)))))))))))).))))))).)))))))....))).))).)))....))).)).)).))).))((((.....)))).................)))))))...((((((((......((((.......))))...)))))))).....((((((.((.(...((((((((...((((((.((.((((.........(((((((((((((.....(((....))).....((((((...((((.(.......).)))).)))))).........(((((((.(....).))))))))))).)))))))))...(((((((......))))))))))).............((((...))))...((((((((((...)))))))))).....((((((((............))))))))))))))))(((((.((((((((((((((....)))))))(((......)))..........((((((((((..((((((...(((..(.((.((((((((.((....(((((.........(((..(((.....((((...(((((.((((.(((..........(((((((..(((.....(((((..(.((((.....(((......)))(((.....)))...((((((((((....((.(((((.(((((((((((((.(((((....))))).))))(((((........)))))...((..((..(((((((.((((.((......((((((...(((((...)))))(((((..((.((....)).))..))))).......((((((((((.((.(((....))).))..))))).)))))))))))))))))...)))))))..)).))....)))).))))).)).))).)))))))))))).....((((((......))))))...)))))..))))).....))))))))))..(((((......(((((((((...)).))))))).....)))))((((.....((((((((((.....))...))))))))......))))..))))))).)))))...)))))))..)))........))))))).)))))))).))))))...)))...........)))....)))))))))))))).)))...)))))))))))))..).)).)).))))..))))))))...........((..(((((((((((....((((........(((....)))(((((...))))).........))))....))))).))))))))((((((.....(((((((.((...((((..((((((.(...((.(((((.....((......))....))))).))).))))))................(((.((...))..)))......))))..)).)))))))...))))))...))))))))))).)).)))))))..........((((((.((((.......))))..)))))).......)))))....))))).))))).)))..............((((((.....((((((...............)))))).....))))))))))))))(((((((((.(((....))).)))))))))....)))))))))))))))))(((......(((...(.(((((((....((((((.(((((((......))))))))).))))..))))))).)..)))....))).)))))))).).)))......)))))).)))))))))...((((......)))))).))).)))))).(((((((..(((...((((((.(.......((((......))))....))))))))))..)))))))....(((..(((...((((............))))....)))..)))....(((((((((...((((((((..(..((((((((((((..(((...)))..(((((((((.(.((((((......))).)))).)))))))))...))))))....)))))).)..))))((((((((.............))))))))((((((.(.....).))))))(((((...))))).......))))...)))))))))...).))))).))))..)))).))).))..........((((((((((((.(((.....))).)))))..(((((...(((((((((.(((((((((((((.......(((((((((((((((((..........))))......(((........))).)))))))))))))...(((((((........)))))))((((.(((..((((..((.......))..))))))).))))...........((((((((((.((((((.........))))))...)))).))))))...(((((((((....((.....))..)))))))))..((((((.((((...........)))).))))))...)).)))))))))))......((((((((((.......)))))))))).(((((((((((.((((((((((((((.............((((.(((((((((.((((((((......)))).....))))...))))))).......)).))))))))))))))))))........)))))))))))(((((((.((......((((((((........)))))).))......(((((((.((........)).)))))))..((((.(((...))).)))).)).)))))))..(((((((...((....)).....)))))))...(((((......))))).)))))))))....))))).........)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((,,((((({(({{.{(((({{.{((({(({(,((((((((((((.(((......)))))))))))))...||,,||||||}}(({{..,,.{|{{|||{||,,,..))),,,,,))|||||,.,,.}}}}(((,...{{(||.{{{||||...,,,}))|.|||{|,,||{|||||.,((,,,.|{||{{{||,||}|}|{{|||||.,,.(((.((((((((.((((({.,(((((((((((((.((....)).)))).....((((((({...}))))))))))))))))...,|{({((((((((.{((((,,,({{{{.(((((..((..(((((.(.((.((.......)).))...).)))))..)))))))..........,|||||||{..,,.||{}}|||||}..{{|||,,.,,,.............(((((((.{{(((((((((((.........,{.((((((((......(((((((....((.(((.{{.{{.(((...((((((.(((...(((((((.(({..((((((((......{,,.{((((((((.{.,,.((((.((..............}),)))).,.,...))))))))),}}..((((((((...{,,({((.(((((((((.....))))),.}))).))))}.}.))))))))))))}})))})).)))))))....))).))).)))....))).}}.)).))).)}((({.....}}}}.....,,,....,....)))))))...((((((((....,,{{({.......}))}...)))))))).....((((((.((.{...((((((((...(((({(,{{.(((({{{,.....(((((((((((((.....,(({,,,,,}.....,|||||}..{{,,........{{{|||,.,,,)))}}}......(((((((.,....}.))))))))))),})))))))}...(((((((......))))))){{{{{{{{{{.....,{(((({{{|,,,...{(((((((((...)))))))))}....,{(((((((............)))))))},{((|,,,||||(,(((||,({{(((((....)))))))|,,...,}})){{((((((.((.(((((((,..{{(.......,((,,{.{,,({{{{||,.,{..,.{(((({{....,{({({,,,{,,{|,.|||,}}.|||||.(((({((({{..,,.,..,,{|,,.{{((.(({....}}}.))}},,,.....(((......)))(((.....)))...((((((((((....((.(((((.(((((((({((((.(((((....))))).))))(((((......,,}}}}},.{((,.{|,.{{{{{{{.({({,,,..,|.{(((((({..{{{{,..|}|}}}(((((..((.((....)).))..))))).,,,...{(((((((((.((.(({....})).}}..))))).)))})))))))}}}})}...}}}}))),,}})))....)))).))))).)).))).))))))))))))...,,,))),,))))),,})))),..)))..})))))))).}})))))),,,.}}|||||}}}...(((((((({...}).)))))))..,,,|||..|,|},}...|||||,,|}}}}...,,....)))))))}.,,,{||||..,||||||.,,,}}.....{(((....},..,,,..,|||||||{||||,,||{,,.)))...)))},.,},},}},},,.,,.)}}})))))))))},),),..,,},,))))))))..}.)).)),})))..)))))))).,........,{{..(((((((((((....{{((.......,(((....)))|((((...))))}.........)))}....))))).))))))}}((((((.....(((((((.((,..((((..((((((.,,,.(({(({{{.,,,,||......})....}},,}.,}).))))))................{{{.{{....,..))}......,}})..)).)))))))...))))))...))))))))))).}}.))))))).,}},,,,..((((((.((((.......))))..)))))).,.....))}}}...,|||||.}}|||,|||,.............((((((...{{(,(((({{........},.)})))))).....))))))}))))))}{((((((((.{((....))}.))))))))),,},))))))))))))))))),,,,,....|||.,.|.(((((((.,..,(({((.(((((((......))))))))).)}},,.)))))))})},})),..,||,{|||||,||{{{||{{..,{{|||,,,.)))))))))}},..||}}..}})))).}}}||{|||||}.(((((((..(({...((((((.{.......((((......))))....)))))))}}},,))))))).....,,..|||.}}|||{....,,|,,...}},}..}})}},}),.....(((((((((...(((({....{({.{{{,,,(({,,,.,}}...,}})}}(((((((((.,.((((((......)))},)),.)))))))))..{{(((({.((((,{((........)}}.}}}|,.....,))))}}{||||||{|(({{{{,|.,,,,),))))||(((((...)))))},....)))))...)))))))))...|{|||,,.,|||...,)),.,)}))}.........{((((({(((((.(((.....))).))))}..(((((...(((((((({.(((((((((((({.......(((((((((((((,{(,{,..,.,...,|||......,||},....}.))}.)))))))))))))...,((((((........))))))|((((.{({..((((..({.......)}..))))})).)))),....,,,,,.((((((((((.((((((.........))))))...))))))))))}...((((({{((....,|...,,)),.))))))))}..((((((.((((...........)))).))))))...}).)))))))))))......((((((((((.......)))))))))).(((((((((((.(((((((((((((((,((..........||{|{,{{{{{{,.,(((((((......)))}.}},...,,...}}})))},.....,.,.,,,))))))))))))))}........)))))))))))(((((((.{(.....,{(((((((........)))))).))}.....(((((((.{{........}}.)))))))..((((.(((...))).)))).)}.)))))))..(((((((,..,,...,}},,...})))))),{,{((((......)))))})))))))))....))))).........,}))))),...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001412997.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 4295 nt 0.4941
NM_001412998.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3598 nt 0.4525
NM_001412999.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3665 nt 0.4513
NM_001413000.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3726 nt 0.4509
NM_001413001.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3709 nt 0.4497
NM_001413002.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3471 nt 0.4497
NM_001413003.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3865 nt 0.4497
NM_001413004.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3874 nt 0.4497
NM_001413005.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3595 nt 0.4501
NM_001413006.1 NCBI
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCG… 3643 nt 0.4516
Showing 11 to 20 of 21 entries
Summary

This gene encodes a WD-repeat protein that binds the cytoplasmic sphingomyelinase activation domain of the 55kD tumor necrosis factor receptor. This protein is required for TNF-mediated activation of neutral sphingomyelinase and may play a role in regulating TNF-induced cellular responses such as inflammation. Alternative splicing results in multiple transcript variants.[provided by RefSeq, Jan 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.