Basic Information

Symbol
ARID5B
RNA class
mRNA
Alias
AT-Rich Interaction Domain 5B MRF2 AT-Rich Interactive Domain-Containing Protein 5B ARID Domain-Containing Protein 5B MRF1-Like Protein FLJ21150 DESRT MRF-2 AT Rich Interactive Domain 5B (MRF1-Like) AT-Rich Interactive Domain 5B (MRF1-Like) Modulator Recognition Factor 2 (MRF2) Modulator Recognition Factor 2
Location (GRCh38)
10:61901684-62096944
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032199.3
Sequence length
7492.0 nt
GC content
0.4434

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2189.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2332.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1734.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001244638.2 NCBI
GCAUUCGGAGGGAAGCUGACAUCCACACCAAGUCGAGACUUCCAGGGAU… 6875 nt 0.4385
NM_032199.3 NCBI
AGAACGUCGAGAUGGAGCCCAACUCACUCCAGUGGGUCGGCUCACCGUG… 7492 nt 0.4434
Summary

This gene encodes a member of the AT-rich interaction domain (ARID) family of DNA binding proteins. The encoded protein forms a histone H3K9Me2 demethylase complex with PHD finger protein 2 and regulates the transcription of target genes involved in adipogenesis and liver development. This gene also plays a role in cell growth and differentiation of B-lymphocyte progenitors, and single nucleotide polymorphisms in this gene are associated with acute lymphoblastic leukemia. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly upregulated the ARID5B transcription factor in oligodendrocytes, as identified through single-cell RNA sequencing analysis of cortical glial cells [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].