Basic Information

Symbol
NTRK2
RNA class
mRNA
Alias
Neurotrophic Receptor Tyrosine Kinase 2 TRKB BDNF/NT-3 Growth Factors Receptor Neurotrophic Tyrosine Kinase Receptor Type 2 Tropomyosin-Related Kinase B EC 2.7.10.1 GP145-TrkB Trk-B Neurotrophic Tyrosine Kinase, Receptor, Type 2 BDNF-Tropomyosine Receptor Kinase B Tyrosine Kinase Receptor B TrkB Tyrosine Kinase EC 2.7.10 EIEE58 DEE58 OBHD
Location (GRCh38)
9:84668375-85095751
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006180.6
Sequence length
8666.0 nt
GC content
0.4357

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2589.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2743.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2349.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001007097.3 NCBI
GGAAAAACAGAUUCCGAGCCGCAAAAGGGAAGACGGAUUCUCAGACAAG… 7491 nt 0.4516
NM_001018064.3 NCBI
AUUCGGGGGCCCCGUCGCGGAGCCAAAGCCGCCGGCAGUCUCCGCAUUC… 8647 nt 0.4352
NM_001018065.2 NCBI
ACUAAUUUUCUGGAGUUUCUGCCCCUGCUCUGCGUCAGCCCUCACGUCA… 8340 nt 0.4459
NM_001018066.3 NCBI
GGAAAAACAGAUUCCGAGCCGCAAAAGGGAAGACGGAUUCUCAGACAAG… 8662 nt 0.4527
NM_001291937.2 NCBI
GGAAAAACAGAUUCCGAGCCGCAAAAGGGAAGACGGAUUCUCAGACAAG… 7485 nt 0.4516
NM_001369532.1 NCBI
GGAAAAACAGAUUCCGAGCCGCAAAAGGGAAGACGGAUUCUCAGACAAG… 8931 nt 0.4413
NM_001369533.1 NCBI
GGAAAAACAGAUUCCGAGCCGCAAAAGGGAAGACGGAUUCUCAGACAAG… 8722 nt 0.4351
NM_001369534.1 NCBI
CUUCGCCAGCAGUAGCAGAGGCGGCGGCGGCGGCUCCCGGAAUUGGGUU… 8582 nt 0.4366
NM_001369535.1 NCBI
GCGCAUGCAUUUUUCCUUCCACAGAAAACAUACAACCAUGUUUCUGCCA… 7955 nt 0.4129
NM_001369536.1 NCBI
GCGCAUGCAUUUUUCCUUCCACAGAAAACAUACAACCAUGUUUCUGCCA… 8003 nt 0.4126
Showing 1 to 10 of 27 entries
Summary

This gene encodes a member of the neurotrophic tyrosine receptor kinase (NTRK) family. This kinase is a membrane-bound receptor that, upon neurotrophin binding, phosphorylates itself and members of the MAPK pathway. Signalling through this kinase leads to cell differentiation. Mutations in this gene have been associated with obesity and mood disorders. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2014] CIViC Summary for NTRK2 Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that NTRK2 mRNA expression was analyzed via qRT-PCR in postmortem cerebellar tissue from individuals with traumatic frontal cortex injuries compared to a reference group, but no significant changes were detected in this investigation [Schober et al. DOI:10.1007/s00414-014-1129-3]. In a separate bioinformatic analysis in brown rats, NTRK2 was identified as a gene enriched in the neurotrophin signaling pathway, which is associated with spinal cord injury self-repair [Liu et al. DOI:10.1097/BRS.0000000000001323]. A study in human traumatic brain injury cases demonstrated that cerebellar mRNA expression of the NTRK2 showed a significant increase for short survival times (less than two hours) compared to controls (p<0.1), with this expression change occurring faster and stronger in the cerebellum than in other brain regions, indicating its constitutive strength and reaction to trauma for potential wound age estimation [Staffa et al. DOI:10.1089/neu.2011.2246].