Basic Information

Symbol
NTRK3
RNA class
mRNA
Alias
Neurotrophic Receptor Tyrosine Kinase 3 TRKC Neurotrophic Tyrosine Kinase, Receptor, Type 3 NT-3 Growth Factor Receptor EC 2.7.10.1 GP145-TrkC ETS Related Protein-Neurotrophic Receptor Tyrosine Kinase Fusion Protein Neurotrophic Tyrosine Kinase Receptor Type 3 Tyrosine Kinase Receptor C TrkC Tyrosine Kinase ETV6-NTRK3 Fusion Gp145(TrkC) EC 2.7.10 Trk-C
Location (GRCh38)
15:87859751-88256993
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001012338.3
Sequence length
20018.0 nt
GC content
0.4370

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-6195.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001007156.3 NCBI
GCACUUGUACAUUUCUGCAGCCGCGCGGCGAGCCAUUCGCGGCGGCUGC… 4134 nt 0.5237
NM_001012338.3 NCBI
GCACUUGUACAUUUCUGCAGCCGCGCGGCGAGCCAUUCGCGGCGGCUGC… 20018 nt 0.4370
NM_001243101.2 NCBI
GCACUUGUACAUUUCUGCAGCCGCGCGGCGAGCCAUUCGCGGCGGCUGC… 19952 nt 0.4373
NM_001320134.1 NCBI
GAAGCAGCGAUCGGAGAUGGAUGUCUCUCUUUGCCCAGCCAAGUGUAGU… 3716 nt 0.5124
NM_001320135.2 NCBI
GGAAGAUGAGGUCGGCAGCUGUUGCAACUGGACCCCUCUUCAUUAAGCU… 2339 nt 0.5336
NM_001375810.1 NCBI
CUCUUUUUUAGAAGCAGCGAUCGGAGAUGGAUGUCUCUCUUUGCCCAGC… 19730 nt 0.4331
NM_001375811.1 NCBI
CUCUUUUUUAGAAGCAGCGAUCGGAGAUGGAUGUCUCUCUUUGCCCAGC… 19688 nt 0.4334
NM_001375812.1 NCBI
CUCUUUUUUAGAAGCAGCGAUCGGAGAUGGAUGUCUCUCUUUGCCCAGC… 19664 nt 0.4334
NM_001375813.1 NCBI
CUCUUUUUUAGAAGCAGCGAUCGGAGAUGGAUGUCUCUCUUUGCCCAGC… 3846 nt 0.5104
NM_001375814.1 NCBI
CUCUUUUUUAGAAGCAGCGAUCGGAGAUGGAUGUCUCUCUUUGCCCAGC… 3822 nt 0.5113
Showing 1 to 10 of 11 entries
Summary

This gene encodes a member of the neurotrophic tyrosine receptor kinase (NTRK) family. This kinase is a membrane-bound receptor that, upon neurotrophin binding, phosphorylates itself and members of the MAPK pathway. Signalling through this kinase leads to cell differentiation and may play a role in the development of proprioceptive neurons that sense body position. Mutations in this gene have been associated with medulloblastomas, secretory breast carcinomas and other cancers. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2011] CIViC Summary for NTRK3 Gene

Forensic Context

A bioinformatic study in adult female Wistar rats (Rattus norvegicus) identified the NTRK3 as a gene enriched in the neurotrophin signaling pathway, which is collectively regulated by time-course differentially expressed microRNAs following spinal cord injury [Liu et al. DOI:10.1097/BRS.0000000000001323].