Basic Information
Symbol
NUDT5
RNA class
mRNA
Alias
Nudix Hydrolase 5
YSA1H
Nudix (Nucleoside Diphosphate Linked Moiety X)-Type Motif 5
Nuclear ATP-Synthesis Protein NUDIX5
ADP-Sugar Pyrophosphatase
8-Oxo-DGDP Phosphatase
HYSAH1
HNUDT5
Nucleoside Diphosphate-Linked Moiety X Motif 5
Nudix Motif 5
EC 3.6.1.13
EC 3.6.1.58
EC 2.7.7.96
NUDIX5
YSAH1
YSA1
Location (GRCh38)
10:12165328-12196127
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
MANE select
Transcript ID
NM_014142.4
Sequence length
3195.0 nt
GC content
0.4194
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-846.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-912.83 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
898.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GCCCAUCCUUUUAGCACCGCGAGAGGCGCCGGUGUUUCGAGCCGUGGCA… | 3186 nt | 0.4187 | |
| GCCCAUCCUUUUAGCACCGCGAGAGGCGCCGGUGUUUCGAGCCGUGGCA… | 3290 nt | 0.4213 | |
| GCCCAUCCUUUUAGCACCGCGAGAGGCGCCGGUGUUUCGAGCCGUGGCA… | 3195 nt | 0.4194 |
Summary
This gene belongs to the Nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X) hydrolase superfamily. The encoded enzyme catalyzes the hydrolysis of modified nucleoside diphosphates, including ADP-ribose (ADPR) and 8-oxoGua-containing 8-oxo-dADP and 8-oxo-dGDP. Protein-bound ADP ribose can be hazardous to the cell because it can modify some amino acid residues, resulting in the inhibition of ATP-activated potassium channels. 8-oxoGua is an oxidized form of guanine that can potentially alter genetic information by pairing with adenine and cytosine in RNA. Presence of 8-oxoGua in RNA results in formation of abnormal proteins due to translational errors. [provided by RefSeq, Aug 2013]
Forensic Context
A longitudinal mRNA expression analysis in post-mortem human blood samples demonstrated that the NUDT5 gene, which encodes an enzyme acting as an ADP-sugar pyrophosphatase or catalyzing ATP synthesis, was included in a down-regulated expression cluster and was utilized as a predictor with a negative coefficient in a generalized linear model for post-mortem interval (PMI) estimation [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z]. This model, developed using an elastic net restriction, achieved a root mean square error of 4.75 hours in cross-validation, indicating its potential application for PMI prediction in forensic investigations.