Basic Information

Symbol
NUP62
RNA class
mRNA
Alias
Nucleoporin 62 Nuclear Pore Glycoprotein P62 IBSN SNDI P62 62 KDa Nucleoporin Nucleoporin 62kDa Nucleoporin Nup62 DKFZp547L134 FLJ20822 FLJ43869 MGC841 Nucleoporin 62kD
Location (GRCh38)
19:49906825-49929925
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016553.5
Sequence length
3361.0 nt
GC content
0.5665

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1225.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1285.02 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 941.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001193357.2 NCBI
GAUUCCCCGCUCGCGACUCCCCACCCCCCAGGGCUCCCUAAAGAGGGCC… 3148 nt 0.5661
NM_012346.5 NCBI
GAUUCCCCGCUCGCGACUCCCCACCCCCCAGGGCUCCCUAAAGAGGGCC… 3215 nt 0.5670
NM_016553.5 NCBI
GAUUCCCCGCUCGCGACUCCCCACCCCCCAGGGCUCCCUAAAGAGGGCC… 3361 nt 0.5665
NM_153718.4 NCBI
GAUUCCCCGCUCGCGACUCCCCACCCCCCAGGGCUCCCUAAAGAGGGCC… 3239 nt 0.5684
NM_153719.4 NCBI
GAUUCCCCGCUCGCGACUCCCCACCCCCCAGGGCUCCCUAAAGAGGGCC… 3394 nt 0.5663
Summary

The nuclear pore complex is a massive structure that extends across the nuclear envelope, forming a gateway that regulates the flow of macromolecules between the nucleus and the cytoplasm. Nucleoporins are the main components of the nuclear pore complex in eukaryotic cells. The protein encoded by this gene is a member of the FG-repeat containing nucleoporins and is localized to the nuclear pore central plug. This protein associates with the importin alpha/beta complex which is involved in the import of proteins containing nuclear localization signals. Multiple transcript variants of this gene encode a single protein isoform. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the NUP62 was significantly altered in expression on day 1 and day 2 following a 20% total body surface area burn injury, as part of a comprehensive gene expression profiling analysis in liver tissue [Jayaraman et al. DOI:10.1016/j.jss.2007.05.025]. A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the NUP62 within the mitophagy pathway in cortical microglia, as revealed by single-cell RNA sequencing analysis [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].