Basic Information

Symbol
NXF1
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear RNA Export Factor 1 TAP Mex67 Tip Associating Protein MRNA Export Factor TAP Tip-Associated Protein DKFZp667O0311 Tip-Associating Protein
Location (GRCh38)
11:62792123-62806302
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Individual identification (including monozygotic twins identification)
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006362.5
Sequence length
2290.0 nt
GC content
0.5114

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-729.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -771.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 528.91
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001081491.2 NCBI
ACUUCGGUCCUGAGCGCUUGGGAGUUAGGUUGUUUGCCGGCGUAGCGGC… 4091 nt 0.5368
NM_006362.5 NCBI
ACUUCGGUCCUGAGCGCUUGGGAGUUAGGUUGUUUGCCGGCGUAGCGGC… 2290 nt 0.5114
Summary

This gene is one member of a family of nuclear RNA export factor genes. Common domain features of this family are a noncanonical RNP-type RNA-binding domain (RBD), 4 leucine-rich repeats (LRRs), a nuclear transport factor 2 (NTF2)-like domain that allows heterodimerization with NTF2-related export protein-1 (NXT1), and a ubiquitin-associated domain that mediates interactions with nucleoporins. The LRRs and NTF2-like domains are required for export activity. Alternative splicing seems to be a common mechanism in this gene family. The encoded protein of this gene shuttles between the nucleus and the cytoplasm and binds in vivo to poly(A)+ RNA. It is the vertebrate homologue of the yeast protein Mex67p. The encoded protein overcomes the mRNA export block caused by the presence of saturating amounts of CTE (constitutive transport element) RNA of type D retroviruses. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the NXF1 mRNA was down-regulated (0.26-fold) in bone marrow cells 6 hours after 6.5 Gy whole-body ionizing radiation [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389]. In human peripheral blood leukocytes, the NXF1 was identified as a housekeeping gene in the signaling and communication class and exhibited differential expression between monozygotic twins, belonging to the least variable category of natural variation [Sharma et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00228.2003].