Forensic RNA Knowledge Base

Basic Information

Symbol

OAS1

RNA class

mRNA

Alias

2''-5''-Oligoadenylate Synthetase 1 2'-5'-Oligoadenylate Synthetase 1 OIASI IFI-4 OIAS 2'-5'-Oligoadenylate Synthetase 1, 40/46kDa 2'-5'-Oligoadenylate Synthase 1 (2-5')Oligo(A) Synthase 1 2-5A Synthase 1 E18/E16 2',5'-Oligoadenylate Synthetase 1 (40-46 KD) 2'-5'-Oligoadenylate Synthase 1 Isoform P42 2'-5'-Oligoisoadenylate Synthetase 1 2'-5' Oligoadenylate Synthase 1 E16 (2'-5') Oligo A Synthetase 2',5'-Oligo A Synthetase 1 2-5A Synthetase 1 P46/P42 OAS EC 2.7.7.84 EC 2.7.7 IMD100

Location (GRCh38)

12:112905856-112933219

UCSC Genome Browser Search in Marker Scope

Forensic tag(s)

Drug abuse diagnoses

External database

HGNC

NCBI

Ensembl

OMIM

UniProt

GTEx

MANE select

Transcript ID

NM_016816.4

Sequence length

1631.0 nt

GC content

0.5071

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.

Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.

Minimum free energy

-530.40 kcal/mol

Thermodynamic ensemble

Free energy: -559.59 kcal/mol

Frequency: 0.0000

Diversity: 318.82

MFE Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((...((((...((((((((.....(((((...(((.((((((....(((((.((((...(((((((.(((((...))))).((((((.....(((((((......(((((((((.(((((.(((((...((((((.(((((...(((((...(((((.........)))))....)))))..))))..((((.((((.((...(((((((((((((.((((((((((((.((........)).)).)))...))).)))))))).))...))))))).)).)))).))))....(((((((..((.((((((((.(((...((((......(((((((.((.............))..)))))))......))))....))))))))))))).)))..))))..).))))))...))))).))))).))....)))))))......)))))))........(((.((((((.......)))))).)))......((((((((.(((((((((....(((((((.((((((((...((((((((((((((((((((.((.((......)).)).))).......))).))))......((((.((..((.(((........))).)).)).))))..((((((((..(((((......))..))).))))))))....(((((..(((((((..(((..((((((....(((((.((..(((.......)))...))..)))))(..(((((((..(((((....((((((.((((((..((.(((.......))).)).)))))).(((((.....))))).......))))))(((((((......))))))).(((((((((((.((((..............))))....))).)))))))).............((((....)))).)))))..)))))))..).....(((((........)))))....))))))......)))...)))))))))))).)))))..))))).)))))))).))))))).(((((((.((.((.((((....((((((.((.........)).))))))...)))).)).(((((((((((((..((((.......)))))))))..((((((((..(.......)..)))...((((((..((.(((..((.....))...))).))..)))))))))))..(((((((.((((..(((.(((..(((((.(((.((((..((((((.(((.......)))))))))...)))).))).....((((((((..((.(((((......)))))))..))))))))......)))))..(((((......)))))......)))))).)))).))))).))...)))))))).((((.(((((((....))..)))))..))))(((...(((((......)))))...)))...)).))))))).....))))))))).)))))))).........))))))......)))))))....).))).)))))....))))))))))).)))))))))))....))))))))..(((((((.(....))))))))............................

Thermodynamic Ensemble Prediction

..((({...((((...(((((((({,...,{{((...(((.((((((....(((((.(((,...((((((({((,((,..|||||.({((((,....(((((((......{((((((((.(((((.(((((...((((((..,,(({,.({(((,,,(((((.........)))))....}}}}}..}},|{,((((.((({.((...(((((((((((((.((((((((((((.,{.,.....|}}.}}.))}..,})},)))))))).))...))))))).)),)))).)))).,}.|||,{{{..,{,((((((({{(((...((((......(((((((.((.............))..)))))))......))))....))))))))))))),))),}))),..},))))))...))))).))))).))....)))))))......)))))))....,,,,({({((((((.......)))))).,}}....}}{|||||{{.(((((((((....(((((((.((((((((,..(((((((((({(((((((((.((.{{......}}.)).))).......))))}})}......((((.((..((.(((........))).)).)).)))).,((((((((..(({{(......,}..))).)))))))).,..(((((..{((((((..(((..((((((..{{({(((.({..{,{,,....,}},...,,..}})))(,.(((((((..((((({{{.((((((.((((((..((.(((.......))).)).)))))).(((((.....))))).......)))))),{{{{((..,{{.||}}},,.(((((((((((.((((,,....,,,.....})))....))).))))))))......,.,,|....,}}....))).)))))..)))))))..,.....{{{{|,....,..}))))}}..))))))......)))...)))))))))))).)))))}.,)))),)))))))).})))))).(((((((.((,((.((((....((((((.((.........)).))))))...)))).)).(((((((((((((..((((.......))))))))},.((((((((..{....,,.}..)),,}}{{{{{{.,||,{{|.|||.....}|,{,|}}.}),,)))))}}}}}|..(((((((.((((..(((.(((.,(((((.(((.((((..((((((.(((.......)))))))))...)))).))).....((((((((..((.(((((......)))))))..))))))))......))))),.(((((......)))))..,...)))))).)))).))))).})..,)))))))).((((.((((({(....)}..)))))..)))),{{...(((((......)))))...,,,...}}.)))))))..,,,))))))))).})})))))......,,.,)))})}.},..)))))))....).))).)))))....))))))))))).}))))))))))....))))}})),.(((({((.{....}}}||||}........,.........,,...,,,,.

Transcripts

ID	Sequence	Length	GC content
NM_001406029.1 NCBI	AGUCCAAGCUCAGUCAGCAGAAGAGAUAAAAGCAAACAGGUCUGGGAGG…	1949 nt	0.5008
NM_001406030.1 NCBI	AGUCCAAGCUCAGUCAGCAGAAGAGAUAAAAGCAAACAGGUCUGGGAGG…	2845 nt	0.4703
NM_001412228.1 NCBI	AGUCCAAGCUCAGUCAGCAGAAGAGAUAAAAGCAAACAGGUCUGGGAGG…	2457 nt	0.4831
NM_002534.4 NCBI	AGUCCAAGCUCAGUCAGCAGAAGAGAUAAAAGCAAACAGGUCUGGGAGG…	1447 nt	0.5038
NM_016816.4 NCBI	AGUCCAAGCUCAGUCAGCAGAAGAGAUAAAAGCAAACAGGUCUGGGAGG…	1631 nt	0.5071

Showing 11 to 15 of 15 entries

Summary

This interferon-induced gene encodes a protein that synthesizes 2',5'-oligoadenylates (2-5As). This protein plays a key role in innate cellular antiviral response, and has been implicated in other cellular processes like cell growth and apoptosis. Alternative splicing results in multiple transcript variants with different enzymatic activities. Polymorphisms in this gene have been associated with susceptibility to viral infection, including SARS-CoV-2, and diabetes mellitus, type 1. This gene is located in a cluster of related genes on chromosome 12. [provided by RefSeq, May 2022]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the OAS1 is a member of a brain gene co-expression module associated with voluntary alcohol consumption, though its expression was not significantly altered following genetic disruption of the hub long non-coding RNA Lrap [Saba et al. DOI:10.1111/Gbb.12698].