Basic Information

Symbol
ODC1
RNA class
mRNA
Alias
Ornithine Decarboxylase 1 ODC Ornithine Decarboxylase EC 4.1.1.17 NEDBIA NEDBA BABS
Location (GRCh38)
2:10439968-10450116
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002539.3
Sequence length
2476.0 nt
GC content
0.4939

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-835.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -881.66 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 822.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001287188.2 NCBI
GUCAGUCCCUCCUGUAGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCCGCCCCUCUGCC… 2376 nt 0.4949
NM_001287189.2 NCBI
GGAGACACGUGGUCGCCGAGCGGGCCACGACCUUGAGGCGCCGCUUCCU… 2808 nt 0.4968
NM_001287190.2 NCBI
GGAGACACGUGGUCGCCGAGCGGGCCACGACCUUGAGGCGCCGCUUCCU… 2654 nt 0.4992
NM_002539.3 NCBI
GUCAGUCCCUCCUGUAGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCCGCCCCUCUGCC… 2476 nt 0.4939
Summary

This gene encodes the rate-limiting enzyme of the polyamine biosynthesis pathway which catalyzes ornithine to putrescine. The activity level for the enzyme varies in response to growth-promoting stimuli and exhibits a high turnover rate in comparison to other mammalian proteins. Originally localized to both chromosomes 2 and 7, the gene encoding this enzyme has been determined to be located on 2p25, with a pseudogene located on 7q31-qter. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Dec 2013]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ODC1 was upregulated in common in splenocytes at day 7 post-injury following both burn and trauma-hemorrhage, where it was identified as a gene expression marker associated with cell cycle control [Lederer et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00086.2007].