Basic Information

Symbol
OGG1
RNA class
mRNA
Alias
8-Oxoguanine DNA Glycosylase OGH1 MUTM HOGG1 HMMH 8-Hydroxyguanine DNA Glycosylase N-Glycosylase/DNA Lyase DNA-Apurinic Or Apyrimidinic Site Lyase OGG1 Type 1e OGG1 Type 1d OGG1 Type 1g OGG1 Type 1h OGG1 Type 1f AP Lyase MMH
Location (GRCh38)
3:9749944-9788219
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002542.6
Sequence length
1630.0 nt
GC content
0.5920

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-673.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -698.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 583.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((...((((((((((((.........(..(((....)))..).........))))))))))))((((((...........(((((.((((((((((.((((((..(...(((......((((((((((((((...)))))).)).))).))).......)))...)..)))))).)))......(((...((((...(((.....(((((((((((.(((((.(((((....((((((.(((((..((((((..((((((((.((((.((...)).)))).....((((((((((...((((..((((......))))..))))...)))))))))).((((((......))))))..(.((((((((((.((.(((((((((((((...(((((((((.......((((.(((.....)))..))))((((.((((((((((.((((((((((.......(((((.(((((((....((((.((..(((.((((((((.(((((.......)).)))))))).))))))..))))))...))))).)).)))))))).)).))))).).))))))))))))).))))))))).)))..))).))))))).((((....))))....((((((........))))))...(((..(((((.((((((....((((....)))))))).)).)))))..))).........)).)))))).)))).)...))))))))...(((......))).........((((........)))).(((.(((.((.(((((.....))))).))))).)))))))))....))))).))))))...(((((((((((.(((..(((((.((((....((((((..........))))))))))..))))).)))))))).....)))))))))))((((......))))((((((((.(((((((.((...((((.(((((......)))))..)))).)))))))((((((((((((.....(((((....))))).((((((.((((............))))...))))))......))))))).)))))...(((((..(((.........))).)))))(((((((((((....))))..).))))))..)).).)))))))..(((((((((((((((........((((...((((..(((..(((((.((.....))..)))))...))).))))...))))))))))......))))))))).))))).)))))))))))....)))..)))))))...)))))))..((((.((((((....((.....))......))))))...)))).((((((.....(((((....((......)).....)))))....)))))))))))........)))))).((((((((((((((((.((((..(((((.((.(((((((.(((.(((.....))).)))..)))).))))).......((((.....)))).))))))))).)))))))))....)).))))))))))))))......(((((((....(((((.......)))))....))))))).....(((....))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,((((((((({.,((((((((((({...,,.,..|..{{|..,.}||..|.,,,,,,|,)))))))))))|((({((,,..({{,,,.{{(((((((((((((..,,,{((,{(..,((({{{{...,((((((((,,(({{{,|,,,,.,).)))})...{{{,{{|||..{|{{||||||({((......,,,..{(({((..,(({({..,|||||,||,|}|((((..{|||,..{((((({,{(((({{((((((((((((({,,,((((.((...)).))))|({..((((((((((...((((..((((......))))..))))...)))))))))).||||||}}}}}})))))}..|}|||,,||,||}||.{||||||||||||,..{{{{{||||,...}}}||||}||{.}}})),)},,,})||||.{{{|||||||,|||||{({|{.....,,|((((.(((((((....((((.((..(({{((((((((.(((((.......)).)))))))).))))))..))))))...))))).)).))))}|}|,||.,|||}.,.,||||||||,|||{|||}}}}}},)}}..}||{|||||}}.((((....)))),}}}||||,{.,}}}}.})))))),..(((..(((((.((((((....((((....))))|})).,).)))))..)))....,))..))})))))}})))}})},,,,})))||,,,(((,|...|||||.,||||{.(((({|{,,........,...{{{|{{.{{.{(({{{{|||||,|||||{|||||||{|,..,||||}|,|||{|,.||{|{|{{{|((,(|{.,(((((.((((,..{((((((....,...,.))))))))))..))))).})}|)))},|||||,|||||((({(((({..{{{|,,,..|}}}..))},)}}}.|}}},||||.|{{{{......))))|{{||||{|||||||((((((((((((.....(((((....))))),((((((.((((............))))...))))))......))))))).))))).,,(((,,..|||....,....}}}})))))}|,||||||({..|,|||..||||||||,..,,...,,))),),,||{{||||||||,,,...|{{{{||||...}|||}.|||,,(((({.((.....})..|||||,..,,,.})))}}.)))))))))),,.,,.}}}}))))}{||}||.||||||||},,.,}})))}.},})}))}..}}})))).,||{|.||{{|{.,,.||...||)),,...{||}}}}...}||}.{(((((,,...(((((....((......)).....))))),.,.))))))}})}}.,,,,...}}||||{((({{{((((((((((.((((..((((({((.(({((((.(((.(((.....))).)))..)))).))))).......(({{.....)))).))))))))).)))))))))....}),)))))),)))))),.||||||{,,{||,,|,{{(({.......)))))}},,)))))),,,,,,}}}}},.}}}}....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_016827.3 NCBI
GGUGGUGCUGUGGUCUGCCCCUGGAGAACCCAGAAGAACACAGCUGUGC… 1742 nt 0.5356
NM_016828.3 NCBI
GGUGGUGCUGUGGUCUGCCCCUGGAGAACCCAGAAGAACACAGCUGUGC… 2225 nt 0.5483
NM_016829.3 NCBI
GGUGGUGCUGUGGUCUGCCCCUGGAGAACCCAGAAGAACACAGCUGUGC… 2178 nt 0.5496
Showing 11 to 13 of 13 entries
Summary

This gene encodes the enzyme responsible for the excision of 8-oxog uanine, a mutagenic base byproduct which occurs as a result of exposure to reactive oxygen. The action of this enzyme includes lyase activity for chain cleavage. Alternative splicing of the C-terminal region of this gene classifies splice variants into two major groups, type 1 and type 2, depending on the last exon of the sequence. Type 1 alternative splice variants end with exon 7 and type 2 end with exon 8. All variants share the N-terminal region in common, which contains a mitochondrial targeting signal that is essential for mitochondrial localization. Many alternative splice variants for this gene have been described, but the full-length nature for every variant has not been determined. [provided by RefSeq, Aug 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that exposure to ultraviolet B (UVB) radiation induces damage to self noncoding RNA, including the generation of fragments and altered base-read frequencies, which acts as a damage-associated molecular pattern detected by Toll-like receptor 3 (TLR3) to drive skin inflammation and immunosuppression [Bernard et al. DOI:10.1038/nm.2861].