Basic Information
Symbol
OLR1
RNA class
mRNA
Alias
Oxidized Low Density Lipoprotein Receptor 1
CLEC8A
SCARE1
LOX-1
Oxidized Low-Density Lipoprotein Receptor 1
C-Type Lectin Domain Family 8 Member A
Lectin-Type Oxidized LDL Receptor 1
HLOX-1
LOX1
Oxidised Low Density Lipoprotein (Lectin-Like) Receptor 1
Oxidized Low Density Lipoprotein (Lectin-Like) Receptor 1
Oxidized Low-Density Lipoprotein Receptor 1, Soluble Form
Scavenger Receptor Class E, Member 1
Lectin-Like Oxidized LDL Receptor 1
Lectin-Like OxLDL Receptor 1
Ox LDL Receptor 1
Ox-LDL Receptor 1
LOXIN
SLOX1
Location (GRCh38)
12:10158301-10172138
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
Cause of death analysis
MANE select
Transcript ID
NM_002543.4
Sequence length
2456.0 nt
GC content
0.4007
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-616.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-663.32 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
690.82
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUUUGUUGAAGUUCGUGACUGCUUCACUCUCUCAUUCUUAGCUUGAAU… | 2316 nt | 0.3977 | |
| AGUUUGUUGAAGUUCGUGACUGCUUCACUCUCUCAUUCUUAGCUUGAAU… | 2340 nt | 0.3940 | |
| AGUUUGUUGAAGUUCGUGACUGCUUCACUCUCUCAUUCUUAGCUUGAAU… | 2456 nt | 0.4007 |
Summary
This gene encodes a low density lipoprotein receptor that belongs to the C-type lectin superfamily. This gene is regulated through the cyclic AMP signaling pathway. The encoded protein binds, internalizes and degrades oxidized low-density lipoprotein. This protein may be involved in the regulation of Fas-induced apoptosis. This protein may play a role as a scavenger receptor. Mutations of this gene have been associated with atherosclerosis, risk of myocardial infarction, and may modify the risk of Alzheimer's disease. Alternate splicing results in multiple transcript variants.[provided by RefSeq, Feb 2010]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the OLR1 identifies a proinflammatory ischemia-associated macrophage subset (MAC_Olr1) highly expressed at 1 day post-myocardial infarction, associated with NF-kappaB signaling and high glycolysis scores [Zhuang et al. DOI:10.1161/JAHA.122.027228]. In a rat model of radiation-induced lung injury, the OLR1 was identified as an orthologous gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].