Basic Information

Symbol
OPTN
RNA class
mRNA
Alias
Optineurin FIP-2 FIP2 HYPL HIP7 NRP TFIIIA-INTP GLC1E Transcription Factor IIIA-Interacting Protein Optic Neuropathy-Inducing Protein Huntingtin-Interacting Protein 7 Huntingtin-Interacting Protein L E3-14.7K-Interacting Protein Huntingtin Yeast Partner L HIP-7 Tumor Necrosis Factor Alpha-Inducible Cellular Protein Containing Leucine Zipper Domains Transcrption Factor IIIA-Interacting Protein Glaucoma 1, Open Angle, E (Adult-Onset) Huntingtin Interacting Protein L Nemo-Related Protein NEMO-Related Protein TFIIIA-IntP ALS12
Location (GRCh38)
10:13099449-13140320
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001008212.2
Sequence length
3479.0 nt
GC content
0.4484

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1039.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1103.45 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 803.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001008211.1 NCBI
GGCGCGGGCAGGGAGCGGCUGGCUGUCAGCUGAGCCGCGCUGGGCGGGG… 3597 nt 0.4576
NM_001008212.2 NCBI
AGUCCCGGCUGCCCCCUCCGCCACCGCCGCCGCCCGCCGGCAGGUUCCC… 3479 nt 0.4484
NM_001008213.1 NCBI
GGCGCGGGCAGGGAGCGGCUGGCUGUCAGCUGAGCCGCGCUGGGCGGGG… 3582 nt 0.4576
NM_021980.4 NCBI
GGCGCGGGCAGGGAGCGGCUGGCUGUCAGCUGAGCCGCGCUGGGCGGGG… 3376 nt 0.4562
Summary

This gene encodes the coiled-coil containing protein optineurin. Optineurin may play a role in normal-tension glaucoma and adult-onset primary open angle glaucoma. Optineurin interacts with adenovirus E3-14.7K protein and may utilize tumor necrosis factor-alpha or Fas-ligand pathways to mediate apoptosis, inflammation or vasoconstriction. Optineurin may also function in cellular morphogenesis and membrane trafficking, vesicle trafficking, and transcription activation through its interactions with the RAB8, huntingtin, and transcription factor IIIA proteins. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding the same protein. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.