Basic Information

Symbol
OR6Y1
RNA class
mRNA
Alias
Olfactory Receptor Family 6 Subfamily Y Member 1 OR6Y2 Olfactory Receptor OR1-11 Olfactory Receptor 6Y1 Olfactory Receptor 6Y2 Olfactory Receptor, Family 6, Subfamily Y, Member 1 OR1-11
Location (GRCh38)
1:158544550-158554405
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001005189.2
Sequence length
5128.0 nt
GC content
0.3931

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1321.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1422.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1111.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((....(((.(((.....))).)))....(((((((((((((((((..((((...((.(((((((((((((((((((....)))).((((((...........))))))....(.((((((.((((.........))))(((...(((........))).))).((((((...(((.((..((((((.((((....))))))))..))..)).))).)))))).................((((((...((.((..(((..(((((........)))))..))).)).))..)))))).....)))))).).(((((.....))))))))))))))))..))))))...))))..)))).))))((......))..((((((((.((((..(((((..(((((.((((.(((((...((((....(((((((.((...((((((...................))))))..)).)))........))))...))))....))))))))).)))))(((((((((((...((((.((((((((((((((.....((((..((((((((((.(((((((((......(((((((((((((((((..((((((((((((((((((..((((((.(((((((((((((((((((...((.((((.((((((((((..........(((((..(((((.((((((((((((.......((((((.((..(((((((..(((((....(((((.....(((((....(((((((((((..((..(((((((...)))))))..))..(((((((.....((((((((...............))))))))......)))))))..(((((.((((.......(((((((((.(.((....)).)))))))))).........((..((((........(((((((.....(((((...........)))))....)))))))......))))..))....)))))))))....((((((...((((.((((..((((.........(((.(((.((.....((((((...((.(((...........))).))...)))))))).))).)))........))))..)))).)))).))))))...(((((((.((((((.((((((((.........))))))))((((...(.(((((.(((.(.......).))).))))).)....)))).........)))))))))))))........(((((((((.(......).))))....)))))....))))))))))))))))......)))))))))).)))))))...)).))))))(((.(((((((((...(((....((((........)))).......)))....))))))))).)))((((.(((((((........)))))).).)))).......((((((.(((..((.((((.......(((..(((((((((((((((..............)))))...(((...(((((((((((((.((.(((...))).)).))....(.(((((((((.......(((((((((((.....(((...((.(((....)))))...))))))))))))))((((.((.((((((((((((((((.......(((((((.......((((.......))))........)))))))...............((((.((((......)))).))))((....))..((((((((........(((((.(((((.....))))).)))))..((((((((((((((((...((((((((..(((((.....)))))......))))))))........))))).)))))...............)))))).............)))))))).......((((.((((((........))))))))))....(((...((((...(((.....((((...)))).....)))...)))).)))..)))))))))..))))))).)))))).))))))))).)..(((((.(((((((......(((((...........((((.((((((.((((..(((((.......))))))))).(((((.......((((((((((((((...)))))))))...))))))))))........(((((((.(((((....))))).............(((((((((.................)))))))))...(((((....)))))...))))))).....))))))...)))).))))).........))))))).)))))........)))))))))))....)))....))))).)).............)))..))).....)))))).))).))))))))))))).)).))).))))).)))))...............((.(((((((..((..........))....))))))).))...(((((((....((..(.(((((((((......)))))))..)).)..))....))))))).((((.(((((((.......)))))))..))))..)))))))))).)))).))...........)))).)))))))..)))))..))).))))..(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((...((((.((....((.(((((.....))))).)).......(((((((.((...((((..((..((((((...........))))))..))....))))...)).)).))))).........((((((.(((((((..((((((((((..((((((((.......))))))))....................((((..(((((.((......................(((((((............))))))).....(((((........)))))....(((.(((.(.........).))).)))........)))))))..))))..((((.(((((.((...((((((((((((...(((...((((..((.((((.(((((.(((((((...(((....))))))))...)).))))).))))...))..)))).))).........((((((.((..........)))))))).......(((((((.(((((((.....((((..(((....))).....((((((((((.....((((((...))))))................(((((......))))).........)))))))))).........((......)).))))....))))))).))))))).......))))))))....))))..)).))))).))))))))))))))..)))....................)))).)))))).)).)))).(((.((((.....((((((((...((((((...(((((......)))))))))))....)))))))).......(((((....)))))............)))).)))))))).)))))))))............)))))))))))))))))..)))))))....(((((...(((((((((.(((............))).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))((((((((((((((.((((....((((((.(((.((...)).)))(((((((((.(((((.(((((.....))))).))))).......)))))))))..)))))).....)))).)))))..........(((.(((((..........((((((((..................)))))))).....((((.(((......(((......(((.(((...))).))).............)))......))).))))..(((((....))))))))))...)))....(((......))))))))))))..(((((.((((.............))))..)))))............((((((....))))))....)).)))))))).....(((((....))))).......)))))))........))))))))).))....((((...)))).(((((((((...(((.((((.....)))).))).)))))))))...........................((((...((((.((.((((((((((((((.((.(((.((....))))).)).)).)))))).)))))))).))))...)))).......((((((((((.......))))))))))..(((((.(((.(((..(((((........((((..(.((((...((((((((((((...(((((((((((.....((((((((.((((((........))))))..))..)))))).....)))))))))))..........................(((((.((((((((.......((..((.((.(((..((((((....(((((............(((.((((..(((..(((.....((((((..............((((.......))))((((((.(((...))).))))))..........))))))......))))))..)))).))).((((((....))))))........)))))....))))))..))).)).))...))..)))))..))))))))......((((((.........(((.(((.((((...............)))).)))))).........)))).))..(((((.((((......)))).))))).((((.((((((..((((((...(((.((((((...((((................))))..))))))..)))..))))))))))).)..))))))))))).....))))).)))).).)))).........)))))..))).))).))))).)))))))).)).)).....)))).)))))))))).))))...)))..........))))))))..........))))).)))).))).))))).............))).))))))..)))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,,....(((.(((.....}}}.}|}...,{{...(((((({{(((({({{,,,,,{((((((({(((((((((((((....|||},{(({({.,|....|||||)|)))}}},|}||{({.{((((.........))))),},..{{{,..,,}..,}}}}},.((((({,{{({{.,{..((((((.((((....))))))))..))..}},}))}))))))................,{{{(({,,,{{,({..{{{..(((((........}}}}},,||}.||,|,.,||||||{{{..,,,.,|.,.(((((.....))))),,,,.,}||..||||,,,.....(((.((((((((((({,((...((((((((((.((((((((((((((((((((.((.....,,....(((((((((((.(((((.(((....((((..((((((({.{(({,.({((((((({,.......|,,})))},|||||.,||||||...........,.,}}}..}}}},.............|,(,.{((,....,})}}.)),........,,,,))))))))...))))...))).)).)))..))))))).)))}...((((.((((.(((({{.(((((((((..{{........((((((((.((((.((((.....(((((((((.(((.((({(((.(((.((((...((((((.((..(((((((..(((((....(((((.....({(((....(((((((((((..{(..(((((({...}))))))..}}..(((((((.....((((((((.,,.,,....,..,,))))))))......}))))))..(((({{((((.......(((((((({{(.((....}).)))))))))).........||..{{,{........(((((((..,,.(((((...........))))),,..)))))))..,,,,})}},,,}}...)))))))))....{(((((...((((.((((..((((.{{....(,(((.{{(.{{.....((((((...((.(((...........))).))...))))))}}.,)).}}},}}},,,.))))..)))).)))).)))))}...(((((((.((((((.{(((((((.........)))))))){{{{...,.{{{{{.((({{,,.....,.})),))))).,....}}}}.........)))))))))))))..,.....(((((((({.,......}.))))....))))).,,.)))))))))))}))))......)))))))))).)))))))...)).))))))(((.(((((((((..{({{....((((........)))).......})},}..))))))))).)))..{((......,,,......,,(((((,...((((({..,{{(((...{{((({.,,((((((....,((((((.((((...................))))..))))))}....)))))))).})),.))).}))))))){(({{{((((.(((((((((.......(((((((((((..,,.,,,...,,.(((....)))}}.,.,,,))))))))))}(((,,((.((((((((((((((((.......{((((((......,((((.......)))),.....,.))))))}..............,{(((.{(((......)))).))))}...,,},..((((((((......|,(((((.(((((.....))))).)))))..(({{{(((((((((((..,(((((((((((((((.....))))}..))},}})))),,.,,,....))))).)))))}..............,))))|....}}}..,,..)))))))).......((((.((((((........))))))))))....{((...((((...(((.....((({...}))).....)))...)))).)))..)))))))))..))))))).)))))).)))))))))((((.......)))),.......,.............)))))))}))))))((((..(((((.......))))))))).(((((,......{(((((((((((((...)))))))))..,))))))))))......)))).))).))))..))).))).}))))))))..,..(((((((((.................))))))))),,.||((,.,{{{,..,...))))...},)))).)))).))))))))}).,))))))))).)..((((({{{........}}}..)))))}},}),,)))).))))}})))))))))))),,{{{{{.{{......,.....||)),}}.,||....,}}|{|{,,,||...(((((((((..............((.(((((((..((.,......,.))....))))))).))..........,..)))),,))))((((((......)))))).....,,.,......,,}}.}}}},...(((((((.......))))))).)))).)))).))))))))))..))))))))).)))))))),}}}|}},.}|||||||,}}|}.....(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((...{{{{.{{.,..({.(((((.....))))).})..,,...(((((((.((...((((..,,,,((((((,,....,,...}})))}.,))}...))))...)).)).))))).........((((((.(((((((..((((((((({..((((((((.......))))))))........,...........((((..(((((.({.....,................(((((((............))))))).....{{{{(,,......}}|||,,..,||,|{{,|.........,.))).,}}........)))))))..)))).,((((.(((((.((...((((((((((((...,,(,,,{{((,.((.(({{.(((((.(((((({...|||,,,.),)))))),,.}}.}}|||,|}}},,..}.,)}}),}}}....,,,,,,,,{{,.,..,,,}}}}}.},.|||,,.......{((((((.(((((((.....{{{{..(((({..,...}}}}|{{{{{{{{|,,,,.((((({...})))))................{{{{{......})}},.,,,...,,}},,,,,}},...,,....,|,.....,,.)))}.,,.))))))).))))))}.......))))))))....))))..)).))))).))))))))))))))..))).........,{{,...,,}})))).)))))).}}.))}}.{({.{{{{,....((((((((...({{((((,.(((({......}))))})))))....))))))))...,,}.{((((....)))))...............,.},,))))).))))))))}...........,)))))))))))))))))..)))))))....,(((({(((((((((((.(((............))).)))))))))........}}}}}|||.,..}}}}}..}},,}},}}||||{{(((.((((..|.|{{{{{,{{({({{,||,.,}}|{{{{{|||,|,{{{.(((((.....))))).||||{{{{...})))))))}),.)))}}}..|.,))}}.}}}|}...,,,.,})))),),,..,....,,..|((((((((..................}))))))).,...,))),|||.......,|,....}|||}{{{...))}.,))}}}}}})}},.}))).)))))},,..,,,..{(((((....)))))}|||....}}}.....,|,....,}}|(({{{..(((((((((.{{{{.............}}},..)))))............,(((({....}))))}....||.|((,.....})}}||||{....}}},,......{{.((((.....,{....}}......))))},))))..)))))}(((((((((,,.(((.((((.....)))).))},)))))))))..,,,,.................(((((((((..((((((((((((({...}))}((((((((((((((((....))))))..,,{,,(((((,..}}}}}||,,,..........((((((((((.......))))))))))..((((...(((((.(((((((...{(((((....)))))}{.((((((((((((((...(((((((((((.....(((((({{.((((((........))))))..}}..)))))).....)))))))))))......{(({{..{{{{,(((..(((..(((...((((((((({...,{,,...{{.||,..,(((,{((((((((((((((.(((..............))))))))},).))))).}},.}}}.......,,,,.......}}}}((((((.{({...}}}.)))))){(((.((....)).))))......)))).))))))...)))..)))..))).}})}}.})))}.{.(((({...})))).}......{((......))}....,{(((((.......,.{{|,,,,......(((,{{{.{{{{....,,,,.......)))},))})}}...............(({(((((.,,,|}}..}}))))}))),}.((((.{(((((..((((((...(((.((((((...((((................))))..))))))..)))..))))))))))).)..))))))))))),.....}))))))}.....(.((((......)))).).))))))).)))))..))))....,,,,......,,.{{{((((((...((((,,...{((({{{{{........})).,,.......)})}...,.))))))))))))).)))))))))).,))))))))))..)))))))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001005189.2 NCBI
AACCAGACUUGCCCAGAAACUCUCUAGGCUUAUGUACAUUGUUCUUCUC… 5128 nt 0.3931
NM_001386050.1 NCBI
AACCAGACUUGCCCAGAAACUCUCUAGGCUUAUGUACAUUGUUCUUCUC… 3702 nt 0.3979
Summary

Olfactory receptors interact with odorant molecules in the nose, to initiate a neuronal response that triggers the perception of a smell. The olfactory receptor proteins are members of a large family of G-protein-coupled receptors (GPCR) arising from single coding-exon genes. Olfactory receptors share a 7-transmembrane domain structure with many neurotransmitter and hormone receptors and are responsible for the recognition and G protein-mediated transduction of odorant signals. The olfactory receptor gene family is the largest in the genome. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in the blowfly *Calliphora stygia* identified 50 candidate odorant receptors, including the co-receptor Orco, with quantitative differences in transcript abundance observed between sexes [Leitch et al. DOI:10.1186/s12864-015-1466-8]. Research in the forensically important blowfly *Aldrichina grahami* identified 49 putative odorant receptors, including the co-receptor ORCo, with some showing gender-specific expression and phylogenetic clustering suggesting roles in detecting decomposition volatiles [Han et al. DOI:10.7717/peerj.9581].