Basic Information

Symbol
OS9
RNA class
mRNA
Alias
OS9 Endoplasmic Reticulum Lectin ERLEC2 OS-9 Osteosarcoma Amplified 9, Endoplasmic Reticulum Lectin Endoplasmic Reticulum Lectin 2 Amplified In Osteosarcoma 9 Protein OS-9 Erlectin 2 Osteosarcoma Amplified 9, Endoplasmic Reticulum Associated Protein
Location (GRCh38)
12:57693841-57728342
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006812.4
Sequence length
2682.0 nt
GC content
0.5459

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-983.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1024.60 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 509.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001017956.3 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2517 nt 0.5431
NM_001017957.3 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2472 nt 0.5429
NM_001017958.3 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2637 nt 0.5457
NM_001261420.2 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2520 nt 0.5429
NM_001261421.2 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2421 nt 0.5403
NM_001261422.2 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2361 nt 0.5413
NM_001261423.2 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2295 nt 0.5434
NM_001410978.1 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2640 nt 0.5455
NM_001410979.1 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2475 nt 0.5426
NM_001410980.1 NCBI
AGAUUCUCUGCAUAAGAAGGGGAACGAAAGAUGGCGGCGGAAACGCUGC… 2685 nt 0.5456
Showing 1 to 10 of 11 entries
Summary

This gene encodes a protein that is highly expressed in osteosarcomas. This protein binds to the hypoxia-inducible factor 1 (HIF-1), a key regulator of the hypoxic response and angiogenesis, and promotes the degradation of one of its subunits. Alternate transcriptional splice variants, encoding different isoforms, have been characterized. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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