Basic Information

Symbol
OSBPL11
RNA class
mRNA
Alias
Oxysterol Binding Protein Like 11 ORP-11 ORP11 Oxysterol-Binding Protein-Related Protein 11 OSBP-Related Protein 11 FLJ13012 FLJ13164 OSBP12 Oxysterol Binding Protein-Like 11 Testicular Tissue Protein Li 132 TCCCIA00292
Location (GRCh38)
3:125528858-125595592
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_022776.5
Sequence length
4598.0 nt
GC content
0.4263

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1317.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1406.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1644.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((...(((....))))))))))..(((...((((((((((((..(((..((.(((((((((((((((((((...........))))))...))))))).....))))))..))..)).)..)))))))))))).)))(((((...))))).(((.((((((....((((.((.(((((((((..((..((.((((.(.((((((.(.(((((((((((...)))))....(..((((..(((...((((((.((.((.((((((((((((..((.(((((((.(((((.(((.((((.(((...))).))))....)))))))).))))))).))))))))).((((.....)))).(((...)))...(((((......((((((.(((((((((.....)))))).((((((..((((..((............)).....))))..))))))(((((.(((((...(((((.(((.....(((..(((((((((........((((...))))..((((((.(((......(((......))).......))).))))))....((((...(((......)))..))))................(((((((......((((((..((..(((((.........))))).....((((.....)))).))..))))))....))))))))))))))))..))))))))))))).)))...)))))...))).)))))).....)))))).)))))).))))))))...)))..))))..).)))))).).)))))).).))))..)).)).)).))))))).)).)).))........((((((((((((((((.....(((((...((((((..(........)..))))))...((((((((((((((((((((.(((.(((.(((((...))))).))).))).))))).........((((......))))(((((...........)))))......(((((((((....)))))))))...))))))))))))))).))).)).....)))))))....)))))))))))))))...............(((((((((((((..(((....(((.(((........(((((((((.........(((.(((...))).)))...(((........)))...))))))))).))).))).)))..)))))))).)))))...((((((.........))))))....(((((...(((((((((((((((((((((((...(((((...(((.........)))................((((.(......).)))).((((......))))(((((.((.((.....)).))..)))))....((((((((......((((((.((.((((((((..((((...........(((((....((((.(((((...((((......))))...((((((..((..........)).))))))((((((((............((((.((.......(((((((((.((((((((........(((((((.((...((((....)))).)).)))))))...........((((.(((.(((((((((.(((......((((.((((((.((((.(((((...(((......)))....))))).....(((((((((((((((............)))............((((((.((((((((((....(((((((((((.(...(((......))).).))).))))))))..((((..((((.((((....)))))))).)))).........)))))......))))).))))))......)).))))))))))((((.((((((((((.....))))(((((((..(((((((...((((.....))))(((....)))...(((((..((((((((((.((((((.(((.(((..((((((...))).)))((((((((((((.(((((((((((...............(((((((.....(((((.((.....(((......)))...)).)))))....)))))))))))))))))).(((((.....)))))...........))))))))).))))))))).))))))..)))).))))))..)))))..(((((((((.(((..((((((((....((((((.(((((........)))))...))).)))((((((((.((((((((((((((........(((((((((((((((......(((((((.(((((((.......)))).))).)).)))))......))))))))...))).))))........))))))))))).)).).)))))))).))))))))))).)))))))))....)))))))..)))))))(((....((((....))))))).....((((....))))...)))).)).)))).......((((((....))))))..)))))))))).)))).(((.......)))....(((.((((......))))))))))..)))))))))..)))..))))))))))))((((((((((.....((......))..))))))))))...........)))))))).).......)))))).....))))))))((.((((........))))..))...(((((......((..(((((((.....)))..))))..))........)))))))))))))).....)))))))))..)))))))).....)).)))))))))).))))...(((....))))))))..))))......)))))))))))))))))))..((((((...))))))...((((((.....))))))........((((((.((.((.....(((((....((((((......(((((...(((..((((((.((((...((((.(((((((.(((((..((((.((((.....(((((.(((((((((((((....((.((((..(((((((((.......(((((((((((.........(((((....((((((((...........(((........)))...(((((((.....))))))).))))).)))....)))))(((.(((((.(((.(((((.(((((((.(((((((((...(((........(((((...(((((..........)))))...)))))...(((.(((..(((((.((((.....)))).)))))))).)))(((((.((.((.((((...(((((((((.(((..((((((..(((.....((((...))))...((((((.........))))))..))))))))).))).)))).((((((...(((((...(((((............................))))).))))).(((((((((.(....((((....))))..).)))))).)))...(((......)))...))))))))))).)))))))).)))))..((((((((((((.(((..(((............((.((((((....))))))))............((((((((.(((((.((((((((((((((........)))))))((((..((((((((((.................(((((...........)))))(((.(((......))).)))...(((((...........))))).........((((.....))))....)))))))))).))))((((((((....((((((((((....)))((((((...))))))....((((((....))))))....((((((..((.((((....(((((..(((((((((((..((((.(...((((.........)))).(((((((((((........)))))))))))).))))..)))))))))))..)))))...)))).))..)))).)).................)))))))....))))))))))).))))...))))).))))))))...)))..))).)))))..)))))))....)))...))))...)))))....)))))))...((((((....)))))))))))))).))))).)))....(((((((((..........)))))))))..(((((....)))))....(((........))).)))))))))))...........(((((.(((....)))))))).(((((...)))))..((((.....)))))))).)))))))))))))))).))))..))))...)))))....)))).))))..))))....).))))))).....))))....)))).)))..(((((((((.(((((.....(((..(((((((....((((((..((....))..))))))....)))))))...))).....)))))...))))))))).....)))..)))......)))))...))))))))))))))).)))))).....)))))..............))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((((({..,(((,,,,|,}}}}|}|||.{{{||.,((((((((((({..,({(((.((((((,(((((((((((....{{(..,.{{{,,,)}}.)..)))))))))))))).{{{{{{||.|{{||||||,|||||.,.,||||,}}})),))}}.,.,,,||,|..||,,,}||},(((.,.....)))))))}))))))..})))))))))))((((((...)))))).|||{|{((({{,((.,((({{(((,,{(({{(((,(((((((..((.(((((((.(((((.(((.((((.(((...))).))))....)))))))).))))))).)))))))))}||{{}}}}}}|||,(,({.{|||{,.(({{,......{{,((({(((,((((,.{{((({.....{{{.,{{{{{((((,({,{{.{{((({{(({{{{,{{(({{(((||||||,,(((,((({({{((.,{{|||||{{{{(,{{{..{{{(.((({((.,{((,...|||,|{{||,.{{||||||||||},||||,||,,,,,{,{.,,,||,,{({,{.{{{(({{{((,,....||.,{||||.,,.|{{{,.(({,,.{{{{{{{......{{((((.,,,..(((((.........))))).....((((.....)))).,)}})}))}},,,,}}})))}||||||||}{|,..,|||}|||,,,,,||..|{||}||||}|,}}}}|}..|{||||||||,,,|(((({(({{(|....,......}..,.||.|||||}}.|}||},.}},|},}},{|.||.|,.}),)).||)))}}}}}.....((((((((((((((((.,,,,({{{..,,|||{{(,,{,,,.....}..)))))),,.(((((((((((((((({{{,.(((,(((,(((((...})))).}}}.|||,|||||,....{,{..{||,....,))))|||||.....,,,,,,))}}}......{((((((((....))))))))}...))))))))))))))).,,,.,......)))))))....)))))))))(((............}}},..(((((((((((((..((({...,||.{{(,,....|,(((((((({,,,{.....,{{.{{|,.,))),)}}...(((........))},,|})))}}}}}.,}},))},))}..)))))))).)))))...{(((((.........)))))},,..}},,,...}}}..{{{{{{{,,,,.,{(((({...))))}.,|||...,..}}}}|},}}}},.........))))))}),.,,,)))))).((((({{...{{{{((,,({(({((..{{,|,.,.{{{{({{({..,,.{,.{{{|||{,{|||,,,....,,,,|||{|,.,}}}}}}.,),}.,,))),}}))))..,||,,,,}||||,,,.,,|||,..,||||((.,({.....,,,..}}.}))))}...,})}}}}.))))})),...},}}|,((((({{.....}))))).....(({...}))(((((((.((...((((....)))).)).)))))))......,||,|||}|{{|||||}|||||{,.|||}|,|||||,||||}|{|}((({{{(((...(((,....,)))....)))))))).,,,,)}.|||,||{,|..........,|||||,|.{||||,{|||}||||}|||..}|}||,||||{{{|||{||||||.{||||..},||},},|||,}},.}}))))|,|||.((((.((((....)))))))).||,|,,..(((({({(((((((((((.........))).))))),{{{{...,,|||,.,{.{((.((((.....))))))),)),..,,,.....,,((({.....)))){{{..{,|}||,||||||||,,,}}|||,,,}}.|||,.||.||||,{(((((...,}},.||{{,||||||{||,{{(((((((({.........{((......,))}{,{{{{..,,..}}}},(((((.{.((((.........)))}.}.))))).}}))))))))}|,{{{(({{{{{{({{(,.,........))))){{{|,|,|||||||{,.{{{{{{....))).)))||||{,...||||||{{{,{{(,.((((((((,{{{,(((({,({{((,,,.,,,.|||||,,.,}}.||,,(({((((((((((((((((((({....,}}|||||||{{{((((({,....|||||||.((((((,...,,,}))})..}|{||,||||,,{{,{.,|||}|||{,{|||{}}||{,{{{{{.,,,,}})))))))),..))||||,,.|||||||||},,||||||}}|{||}}{||||},.||||||||,...((((.((((({,{{{{{.....((((........))))...(((({({(((.((..((((((....))))))....(((.((((.,.....)))).))}..||{{..{{{.,((,.,.,,.|))}}}},}.}))),...})}.)))}}}.}})),,.{{((((((((((((.....{{......)}..)))))))))))))}.....}))))).))))........|||||,|,,{||||,,,,))}))),}}}}}},..}))),)||}}.,|,}}}.....}}}}}|,|}||}..}})))},}},}..,,,},,.,,})}}||{{|{,,,{{{.}}},},||||{|.,||||||||||,||,{.,{{||||,||,|{{...|{|,{{{.((((((....},|{,,,,,{..,,,,,|||||,,.||,|||((((((...))))))...((((((.....))))))........}))))|||,|||...}}}}}.}}}...}}}}||{{....,.}}})}}})))})},,,..,,}}}}}||,,.}}}.}))))....||,.,||||{|}}}}||||{((({,{{,{|||,{{,..{||.||,...{{{{..,{{{{{{..,|||{{{,,{,,,{{{{{.(((((((.....,((((((((...{,...||,...,}}}}))}...(((((((,...,))))))}....{{{{{....,|{.|||...,,}},,))}}||||,....,}}},).,}.))))))),{,,,||,...||{|{...{{{{{......,,,,))))).,,)))}}..,(((,((,.,(((({.{{{(.,,,,||}},|||,}}}}.}}),,.|||}}})})|}.}}}}}}|,},}})))}...}}.}))))}}).}}.}}),,},.,}})))}||||||},,,,,,{{|}||||(((((((((((.{...,((({(((((,...(((,{{{{{((||.,,||.{{{{{{........,,....,|||}}}|||))}.|||||||{,,|}}}}|||{....,}}}..,.||||||.,|{{{{(((,,....,||,..|{|||,.||||,{||{{{.{..{{{{{{{((((...,{{,{{{{,({.,{{||}}},,,,.|..{(((({...,))))))))}.}},||||{,.{,,|||{{,,{......,{{{{(((((((........)))))))))}....,|||{|,{,,.||||,,...||||}||{{||}}}}}}}})..)}))).,|.||}},,.},)),}))..},|{{{|}},.,,},.,.,)))),,..,{{{{(,((({{..{{{{....}}))....))))).))))}},}.))))))))))}..)))},))},......}})}}}}},}.))|||||,,,,))))),}}}},|||||,}||,{{||,,,.{{{{{..{{{{{{{{(({.,(((({(.,,.((({{{{{{{{{|....(((((((((((........)))))))))))..,|||..}}|||||}}||,{|||},...))))}))..))))}))},......{{{{,,,,{|...,}}|||,,},{{{{{{{|||,,},,,,|{||||})}}))))},}))))))))),,,,},,)))))}))}|,,||.,..}}}|||}}}}))).},...||}}|||{{{{....})))))),.}},,,......,,......{((((((((..........))))))))}..{((((....)))))|||||||......,,))).))))})})))})))}),,,.,}}||||.{|{}}}}))),,|||,(((({..,))))),}}.,......|||{{{||,,,))}))))).}}||}}}|)},...||,.,||,||....)))))))))))))},...,||||||||}|,...(((((((((.(.((....(((((((({,((({,{{{,,((,...,{{{|,..,,|||,,|,}||},.|}}|.,||||,....)))}}},..{|||.....,,,,)}}})))))))))...)).)))))).......))))....,,,|||{..,(((((,.,,{}}}},...}}}}.........,,,,))})})),.....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_022776.5 NCBI
AUUCGCGCUUGGGUCUGGAGAUAGCGCGAGAGACUCACCGGCUCCUGGG… 4598 nt 0.4263
Summary

This gene encodes a member of the oxysterol-binding protein (OSBP) family, a group of intracellular lipid receptors. Like most members, the encoded protein contains an N-terminal pleckstrin homology domain and a highly conserved C-terminal OSBP-like sterol-binding domain. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in C57BL/6J mice demonstrated that the mRNA Osbpl11 was identified as a differentially expressed transcript in cardiac tissue during chronic intermittent hypoxia-exaggerated post-myocardial infarction remodeling, where it was positively correlated with the core long non-coding RNA AC125351.1 in a co-expression network analysis [Wang et al. DOI:10.3389/fgene.2022.818823].