Basic Information

Symbol
OTUD5
RNA class
mRNA
Alias
OTU Deubiquitinase 5 DUBA OTU Domain-Containing Protein 5 Deubiquitinating Enzyme A OTU Domain Containing 5 Deubiquitinase A DKFZp761A052 Deubiquinating Enzyme A EC 3.4.19.12 MCAND
Location (GRCh38)
X:48922024-48958386
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001136157.2
Sequence length
2888.0 nt
GC content
0.5914

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1203.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1252.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 672.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001136157.2 NCBI
GCGCCGGGUUUGUUGGGGGGUACUCGGCAGUGCAGCCAUGACUAUACUC… 2888 nt 0.5914
NM_001136158.2 NCBI
GCGCCGGGUUUGUUGGGGGGUACUCGGCAGUGCAGCCAUGACUAUACUC… 2662 nt 0.5917
NM_001136159.2 NCBI
GCUACAGGGGCCAGCUAUGCUCCCGGGAGUGUUGAUGUUUUCCAGUCAU… 2407 nt 0.5501
NM_017602.4 NCBI
GCGCCGGGUUUGUUGGGGGGUACUCGGCAGUGCAGCCAUGACUAUACUC… 2903 nt 0.5911
Summary

This gene encodes a member of the OTU (ovarian tumor) domain-containing cysteine protease superfamily. The OTU domain confers deubiquitinase activity and the encoded protein has been shown to suppress the type I interferon-dependent innate immune response by cleaving the polyubiquitin chain from an essential type I interferon adaptor protein. Cleavage results in disassociation of the adaptor protein from a downstream signaling complex and disruption of the type I interferon signaling cascade. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described. [provided by RefSeq, Oct 2008]

Forensic Context

A study in human blood samples demonstrated that the OTUD5 OTUD5 was incorporated as one of nine reference genes in the initial primer design for a targeted massively parallel sequencing assay aimed at forensic age estimation, due to its stable expression in blood, and it was included in the final validated primer pool of seven reference genes [Hänggi et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103282].