Basic Information

Symbol
P2RX4
RNA class
mRNA
Alias
Purinergic Receptor P2X 4 P2X4 P2X Purinoceptor 4 ATP Receptor Purinergic Receptor P2X, Ligand-Gated Ion Channel, 4 Purinergic Receptor P2X, Ligand Gated Ion Channel, 4 ATP-Gated Cation Channel Protein Purinergic Receptor P2X4 P2X Receptor, Subunit 4 Purinergic Receptor Purinoceptor P2X4 P2X4R
Location (GRCh38)
12:121210065-121234112
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Forensic tag(s)
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HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002560.3
Sequence length
1760.0 nt
GC content
0.5608

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-667.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -697.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 427.59
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001256796.2 NCBI
AGACCGACUAGGGGACUGGGAGCGGGCGGCGCGGCCAUGGCGGGCUGCU… 1808 nt 0.5597
NM_001261397.2 NCBI
AGACCGACUAGGGGACUGGGAGCGGGCGGCGCGGCCAUGGCGGGCUGCU… 1679 nt 0.5581
NM_001261398.2 NCBI
AGACCGACUAGGGGACUGGGAGCGGGCGGCGCGGCCAUGGCGGGCUGCU… 1511 nt 0.5672
NM_002560.3 NCBI
AGACCGACUAGGGGACUGGGAGCGGGCGGCGCGGCCAUGGCGGGCUGCU… 1760 nt 0.5608
Summary

The product of this gene belongs to the family of purinoceptors for ATP. This receptor functions as a ligand-gated ion channel with high calcium permeability. The main pharmacological distinction between the members of the purinoceptor family is the relative sensitivity to the antagonists suramin and PPADS. The product of this gene has the lowest sensitivity for these antagonists. Multiple alternatively spliced transcript variants, some protein-coding and some not protein-coding, have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the P2RX4 was significantly upregulated (1.97-fold) in injured dorsal root ganglia following spinal nerve ligation, a model of neuropathic pain [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048]. In a rat model of radiation-induced lung injury, single-cell transcriptomic analysis identified the orthologous rat gene for the P2RX4 as being associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357]. A study in rats demonstrated that the purinergic receptor P2X 4 (P2rx4) is a member of a brain co-expression module negatively correlated with voluntary alcohol consumption, and its expression is positively correlated with the hub gene Lrap [Saba et al. DOI:10.1111/Gbb.12698].