Basic Information

Symbol
P2RX6
RNA class
mRNA
Alias
Purinergic Receptor P2X 6 P2XM P2X6 P2RXL1 Purinergic Receptor P2X-Like 1, Orphan Receptor P2X Purinoceptor 6 ATP Receptor MGC129625 Purinergic Receptor P2X, Ligand-Gated Ion Channel, 6 Purinergic Receptor P2X, Ligand Gated Ion Channel, 6 Purinergic Receptor P2X-Like 1 Skeletal Muscle-Expressed P2X Purinoreceptor P2X6 Purinergic Receptor Purinoceptor P2X6
Location (GRCh38)
22:21009808-21028013
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005446.5
Sequence length
2727.0 nt
GC content
0.5966

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1190.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1235.80 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 444.34
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001159554.2 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2649 nt 0.5965
NM_001349874.2 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2719 nt 0.5951
NM_001349875.2 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2641 nt 0.5949
NM_001349876.2 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2638 nt 0.5940
NM_001394691.1 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2714 nt 0.5965
NM_001394692.1 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2661 nt 0.5938
NM_001394693.1 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2655 nt 0.5977
NM_001394694.1 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2577 nt 0.5976
NM_001394695.1 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2571 nt 0.6005
NM_001394696.1 NCBI
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCC… 2969 nt 0.5945
Showing 1 to 10 of 12 entries
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of P2X receptors, which are ATP-gated ion channels and mediate rapid and selective permeability to cations. This gene is predominantly expressed in skeletal muscle, and regulated by p53. The encoded protein is associated with VE-cadherin at the adherens junctions of human umbilical vein endothelial cells. Alternative splicing results in multiple transcript variants. A related pseudogene, which is also located on chromosome 22, has been identified. [provided by RefSeq, Apr 2009]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that acute ethanol exposure decreased the P2RX6 mRNA levels in the amygdala, a change validated by qPCR [Krishnan et al. DOI:10.1038/S41380-022-01732-2].