Basic Information
Symbol
PABPN1
RNA class
mRNA
Alias
Poly(A) Binding Protein Nuclear 1
PAB2
PABP2
Polyadenylate-Binding Protein 2
PABP-2
PABII
OPMD
Polyadenylate-Binding Nuclear Protein 1
Poly(A)-Binding Protein, Nuclear 1
Poly(A) Binding Protein, Nuclear 1
Nuclear Poly(A)-Binding Protein 1
Poly(A) Binding Protein II
Poly(A)-Binding Protein II
Poly(A) Binding Protein 2
Poly(A)-Binding Protein 2
Location (GRCh38)
14:23321457-23326163
Forensic tag(s)
-
MANE select
Transcript ID
NM_004643.4
Sequence length
1811.0 nt
GC content
0.5428
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-689.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-723.18 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
449.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUCUGAGCGGCGAUGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCAGCAGCGGGG… | 2768 nt | 0.5314 | |
| GUCACGGUUGCCUAGUGUUGUUCUAGAGAGGGUAGCUUUUCUUUUAUCA… | 1622 nt | 0.4901 | |
| AGUCUGAGCGGCGAUGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCAGCAGCGGGG… | 1811 nt | 0.5428 |
Summary
This gene encodes an abundant nuclear protein that binds with high affinity to nascent poly(A) tails. The protein is required for progressive and efficient polymerization of poly(A) tails at the 3' ends of eukaryotic transcripts and controls the size of the poly(A) tail to about 250 nt. At steady-state, this protein is localized in the nucleus whereas a different poly(A) binding protein is localized in the cytoplasm. This gene contains a GCG trinucleotide repeat at the 5' end of the coding region, and expansion of this repeat from the normal 6 copies to 8-13 copies leads to autosomal dominant oculopharyngeal muscular dystrophy (OPMD) disease. Related pseudogenes have been identified on chromosomes 19 and X. Read-through transcription also exists between this gene and the neighboring upstream BCL2-like 2 (BCL2L2) gene. [provided by RefSeq, Dec 2010]
Forensic Context
No relevant information is available at the moment.