Basic Information

Symbol
ARPP19
RNA class
mRNA
Alias
CAMP Regulated Phosphoprotein 19 ARPP-19 ARPP-16 ARPP16 ENSAL CAMP-Regulated Phosphoprotein 19 CAMP-Regulated Phosphoprotein, 19kDa CAMP-Regulated Phosphoprotein 19kDa Cyclic AMP Phosphoprotein, 19 KD Endosulfine Alpha-Like
Location (GRCh38)
15:52547045-52569883
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006628.6
Sequence length
5366.0 nt
GC content
0.3718

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1404.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1506.48 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1607.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((....)))....((....((((((((.((((((.((((.....(((((((((((.(((..(((((.(((((((....))))))))))....))..))).))))))).)))).((((((((.(........).)))))))).))))))).))).))))))))....))(((((((((((.(((((((((((..((.((((.(((((((((((((((((((((((.((((((((((((......((((.(((.....(((.((((........)))).))).....))).))))(((((((..((((((.((((.(((.(((.(((.....((((...(((.....((((.........))))....)))(.(((((.......))))).).((((((((......((((((((.((((((((((((.....)))))..)))..)))).((((((......)))))).......((((((((...(((.(((.((((((((((((((....((((((.....((.(((((((((((((((((..(((((...(((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((.....))))))))))..............))))))))...)).)))))))...)))).))))))))))))))..(((((((((......((((...((((.(((..(((..(((.....))))))..))).))))...)))).)))))))))(((((((.(((((((.(((.........((..((.....))..))..........))).))).)))).))))))).....((((((((((....)))))))))).((((((((.((((...(((((((((((........)))))))))))....))))))))))))((((((.....(((((.((((...(((((.((.(((...))).)).))))).)))).)))))......))))))((((.(((...))).))))(((.(((((.......(((((((...)))))))))))).)))....(((((((...((((((((((((((......((((.......))))((((((......)))))).......))))))))....((((((..(((((((....))))..))).....))))))..((((((.(((.((((....)))).)))...))))))................))))))...)))))))..)))))))))))))).))).))....((((...(((((((.((((((((((..((((((....)))))).)))))).......(((.((((((...(((..(((..((.((.......(((((....))))))).))..)))..)))..)))))).)))((((((.((......((((........))))....))))))))..((((((((.....))))))))((((((.....))))))........(((((..((((((.((((((((.....)))))))).))))))....))))).)))).)))))))..)))).......(((.((((((..(((........))))))))).)))..((((...)))).(((((...(((((((...((.((((((((((((.....((((......))))((((((.((((((((((((((...(((.........)))....)))))))))...)))))))))))(((((((((......(((((((((((((.((((..((.............((((((((...))))))))((.(((((.((((((((((.(.((.......)).))))))).........))))))))).))......(((((((.((..............((((((..((((((((..(((((......)))))....)))))))).))))))..)).))))))).........(((((((((........((((((((((((((......(.(((((((..........))))))).)...))))))))))))))...((((((((((((..(((((((...((...(((((((((....))))))))))))))))))............)))))))))))))))))))))))..)))).))))))......)))))))..(((((((.((((((((.((((...)))).))))).))).)))).)))(((((((....((((((........)))))))))))))...............((((((((((..((((((..........((((.(((((..((......))..))))).))))...........))))))((((((.......)))))).....(((((..........))))).))))))))))((........))...)))))))))..(((...(((((.(((((((((((..((((..(((((((....((..((((((....))))))...((((.(((((.((((((((((.((((.(((((((((((.......)))))))))))....(((((((...((((((((.((((......((((.(((.((((.........)))).))).))))(((((((((...(((((...((....))...))))).....)))))))))....(((((....))))).....(((((((((((((((((..((.....))..))))).))))))...))))))....)))).))))))))...)))))))....(((..(((.(((((.((...((((((......))))))....)).))))).))))))...........)))).)))))...))))).))))).))))...............))....))))))).....(((((((((.(((((....((((.((((((.....))))))))))...))))).)))....((((....))))((((((((((((..(((.((((((((..((((((..(((..(((((((((.....((((...((((((((((...(((((((((......(((((((((((((((.....((((...)))).....(((.(((......(((((.((((((((.((...............))...)))))))).)))))......))))))(((.(((......))).))).......((((((.(((....)))))))))..............((((((((.....)))))))).)))))))))))..)))))))))))))..)))))))))))))).((((....)))).(((((........((((((.((((..((((((.((((((.((.((..(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((((((((((((...)))).)))))).)).....))).)))))))))....))))))))).(((....)))....)))))..)).)).)))))).)))))).)))))))))))))))..............)))))))))))).))))))........(((((.((((..((((((....((.(((......))).))...)))))))))))))))(((.((((...(((...))).)))).)))...(((((.....))))).)))))))))))..))))))).((((......(((((.....(((((....................))))))))))......)))))))))....))))))..))))..))))).)).))).).)))))))))))))))))))).))..........))))))).))))).))))))..)))))))))....((((((((.(((..((((...(((((((((((..............))))))))))).))))....)))..(((.((((((((((((.((.......))))))))))..)))))))))))))))...))))))))...))).)))))))).......((((((......(((....)))......)))))).........((((...))))))).)))))..)))))).)).((((((((.(((...((.(.((((....)))).).)).))).)))).)))).......(((.(((((((((((((.((.(((.........))))))))))))))...(((((.....))))).....((((....)))).......((((((.......((((((...))))))......))))))(.((....(((((((..(((((..((((.......((((..((((((((...((((.(((.(((.(.((((((..(((((((((((.......(((((...((((((....)))))).........(((((....)))))..............)))))........)))))....))))))))))))))))))).)))).....(((((.....)))))..((((.(((((......((((.(((((.((((.(((((...))))).)))).))))).))))......)))))))))((((((.............))))))..((((((........)))))))))))))))))).....................(((.....)))))))..)))))..)))))))....)).).....)))).)))..((((((((((((((.....(((........)))((((.((((..............)))).)))).....)))))))))).)))).....((((.......)))).)))).....))).))).)))))))....(((.((....)))))...(((((....)))))((((((.((((((((((.......)))))))))).))))))...)))))).)))))))...(((((...((((((((........)))))))))))))((.(((.((((.........)))).))).))........))))))))))))..)))))))))).))))))))))).....(((.((((.........))))))).((((((((........(((((.(((..........(((.(((.(((((.....((((((...........))))))..)))))..))))))............))).)))))....)))))))).(((((((((.((((((............))))))...........))))))))).)))))).))...)))).))))))).)))))))))))(((((((((.(..((.((((...)))).)).....).))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((((,(((....)))...,{{.|..((((((((.((((((.((((.....(((((((((((.(((..((((,{(((((((....)))))))))}...}))..))}.))))))).)))).((((((((.(........).)))))))).))))))).))).)))))))).|,|||(((((((((((.((((((({(((,,((.(((,.(((((((((((((((((((((((.((((((((((({.,,...{{{(|({{....,((({((((......,,||},.})),,..{||,{||||,{(((((..,,,,{{,{,{{{{((((({...,,{{{(({,,,.,({(,.{{{({{(,...{{{{.,|||....|||{{{((((.......))))|(((,.,{{|||,,....,,,||,{{.{,..|||{{{((.....)))}),,}||.,||||,((((((......)))))).,,....|{||||{{.}}|||.|||.,||||.,,||||||,.,,{{{{{{...,,||||,,((((((((((((((..(((((,..{((((((((((((..(((((((((((((((((,(((((((((.....)))))))))}(((.....}))...))))))))...)).)))))))...)))).))))))))))))))..(((((((((..,...{(({.,{(({{.{{,..{{{,,{{{...,,||||||..}}},)),)}}}))}},)))))))))(((((((.(((((((.(({.........((..((,...,))..))..........)}}.)))))))).))))))).....((((((((((....)))))))))).{(((((((.,{{,...(((((((((((,,...,},)))))))))))....}}}})))))))|((((((,,...(((((.((((...(((((.((.(((...))).)).))))).)))).)))))..}}..))))))}....{{{...,||((((((({((((,,.......(((((({...}))))))..{{((,({.{{...,)},|),)))}.{{{....{{||,,.}}}}}))))...,..,}||{{{{,,,,},))})}},,|,||,}}}}}})}}|({(((((,..((((((({{({(((..{{{{{{{{.{|||{{...,|||..,,...,||.}}},)))})))}.}))))).......,,...,},.,))))}...)))))))...)))))))))))))),|||{,........|||||(({(({.,,{{((((({..((((({....}))))).}))))}.,,,,,,(((.((((((...(((..(((..{,.((......,(((((....})))))}.}),,)))..)))..)))))).})),,{|(||{{......((((,,...,.,)))).,}}))))}}},..((((((((.....)))))))).{{|||,,,,,|||||,.,,,,{{{,,,{{..{(((((.((((((((.....)))))))).)))))}......,,,,||||{|,,,})},,},{{,,.....,{{.{{|||{.||||,,,,...,})|}}}}}}.}}}.,||||...,))),||||||.|||{||||,,...,|{{{{{{({{{,.,{{{,||,..||,.||||((({,((((((((((((((((..,(((.,.......))),,..)))))))))}.,))))}}}}||},,,..,|,,.,..,....,,{,,(((((((,.................,,((((((((...))))))))...{((((.((((((((((.(,((.......)).})))))).........)))))))))))))))),,{{{{{({,(({{{,(({,,{.,{{,,{{{,...|||||...,}}}}}})))...}}}},,}}}}},||||,}||}}}.,||||||}},}}}...||||{{{{||||,,....,,.((((((((((((({..,{,.(.(((((((,(,...,,),))))))).).,})))))))))))))).,{((((((,,,,(({{{(.,{({{{{.{{.{((((((((({{{{|||||||||{{...{{{{{{{{........,)))))))),))))),,})))}..}}}}{,,,||||}}}.,{{((((({,.((((({(,(({{{{||,|{{|,..}))),)}})).})}.}}}}.}}}(((((((....((((((........)))))))))))))............,.,(({(((((((,,((((((..........((((.(((((..((......))..))))).))))...........))))))((((((.......)))))).....(((((..........))))).}}}}}}}}}}|{}}}||}|}|,,.{((({{{{,,{((({{{{{{.....,|}}}}.........,{{{{{(({|...{{{{,((((((....))))))|||.|||{{{{{{.,,,|,,,,|,,|||,.{{{{{{(((((,,,,,,.}}}}}}}}})},}}}}||||||....,{{{{{{.,{{|.,,,..((((.(((.((((,,.......)))).))).)))){((((((((...{{{({...{{....}}...))))}.....)))))))))....(((((....))))),,...{{{{,{(((,(((((((..{(.....})..))))))).)))),,,|||,},..,,})})}))))}|||.{{|||||,....}||...||,.{{{({.({...((((((......))))))....)).))}))|))}}}}......,,...,,.}}}}},,||}}|||||....,,,))}}).))}}}}}|,,.|||,.,{{{{|{||{|,,,|||||{||{}||||{,}}}{||{,|||||,..,}}))),,)))))}}})}}}},|},.,{{((((....))))}|((,{((((((..(((.((((((((.,((((((..(((..{((((((({.....{(({...((((((((((..,(((((((((......,((((((((((((({,,{{{((,{..{{{{,...|}||{.|||}}....(((((.((((((((.{{,,,......,,....)}...)))))))).})))}......,,}|||({{.(((......))).})),......((((({,(((....)))))))))...........,},|{((((((.....)))))))),))))))))))),,,},,))))))))),,))))))))))}}}}.{(((....}))}.{,(((,.,,,,..{(((((.((((..((((((.((((((.((.((..(((((.,,{{(((((((((..,.(((((((((.(((((((((((((({...}))).)))))).)}.....))).)))))))))....))))))))).(((....)))}},,)))))..)).)).)))))).)))))).)))))))))))})))}..........}}.))))))))}))).)))))).....,{{{{(((.{{{,,{((((({.,..((.(((......))).))..,)))))))))}}}}}}|||.((((...,{,...,}}|}|||,|||...{((((,,,..}))}}.}))))))))))..))))))).|{(({,....||||({{.{{{({{,,,,,,..{|,,||..|,....,},||||}}......)))))}},)}..,)))),}})))))}}))),,}},..,||}|}}}..,}|}}}}},,,((((((.....)))))),||||||||}|||{||||||..,||||||||{{{,.{((((((.{{,..{{((...{,,{{{{,{||.,,........,,,)))))))))))})))|,{{,|||{(((,.((((((((((((.((.......))))))))))..)))))}},))))))}.,})),))}))})}))),))}||}|||{{....{{||||......(({,,.,))),,,|.,||}}||{,{{.,{{.{(({...})))})){||||,..,,,)))}}}}|||{,|||,|||...{,.|.||||....}}||,|,}}.}}),)))),||||(((((......))))).....((({((.,,,..)}}))).)))))))}}}}||..,.{{(((.....))))},..}}((((....)))).......{{{{{{.......((((((...))))))......}}))}}}}||..,.(((((((..(((((..((((.......((((..{(((((((,..{(((,{({.(({{(.((((({..,{{((((((((,,.....(((((...{{{{{{....}}}|||{,.......{{{{,....}||||....,,,,......))))}........))}}}}}.,}})),,,)))))))))))),)}}}.....(((((.....)))))..{(((.(((((......((((.(((((.((((.(((((...))))).)))).))))).))))......))))))))|((((((.............}}}))),.{{{{{|,,......})})))))))))))))))....................,({{....,))}))))..)))))..))))))},,,,}},,...,,,,,,.....,{{{{{{{{{{(({{...,.{{{....,,..}}|(({(.((((..,....,,,....}})}.)))}.....}}})))))}}.}}}).....{{{{...,,,,))))|||||..,,|||,,|,.((((,,,.}})){{||||,,,,})))}..,(((((....)))))|(((((.((((((((((.......)))))))))).)))))}...,}}}},.}|||||||{.{((((,..((((((((........))))))))})))),|,,,|.{{({........,)))),||}.||....},,,))))))))))))..)))))))))).})))))))))}.,...,||.,{,|.{,,{|.,|||||},...||||||{}}}}}...{((({.{{{..........,,,{(((.,{...{{{{.{(((((...........)))))).}))}.}..}))))}..,},.,,..,.))).)))))...,||||||||.{,,.|,||{|((((((.....,,,.,..))))}}.,,,|.|.|||}||}}}}}|.}})))}.}}.,.)))),})))))}.)))))))))))|((((((((.{.,((,{{({...}))),)).,,,.}.))))))))))))))

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001306191.2 NCBI
GGCAGAGACGUAGGACUGGAGAUGUGAAGGCGUGGCAGAGUGGAGCAAG… 5526 nt 0.3733
NM_001306195.1 NCBI
GAAGCACUCGGCAGCCACAAACGGAUGUGAGGUGAGGCAGGAGCGGCGA… 5365 nt 0.3661
NM_001306196.2 NCBI
GUCAUAAGGCGGCGGCCAUUUUCGCGGGCGGAGGCGGCCCGGCGGGCCC… 5423 nt 0.3730
NM_001330309.2 NCBI
GUGAGCCCUGGGCCCUGCCCAAGGCCGGGUCUGGCGGGCGGCCUGCUCC… 5727 nt 0.3827
NM_006628.6 NCBI
GUCAUAAGGCGGCGGCCAUUUUCGCGGGCGGAGGCGGCCCGGCGGGCCC… 5366 nt 0.3718
Summary

The 19-kD cAMP-regulated phosphoprotein plays a role in regulating mitosis by inhibiting protein phosphatase-2A (PP2A; see MIM 176915) (summary by Gharbi-Ayachi et al., 2010 [PubMed 21164014]).[supplied by OMIM, Feb 2011]

Forensic Context

A study in humans identified the ARPP19 as a candidate mRNA marker for age estimation, noting it was previously found to be associated with age in blood [Dørum et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102976]. In Sprague Dawley rats, research demonstrated that the ARPP19 is a target gene for early postmortem interval (EPMI) estimation, where its ΔCq values rose stably with PMI at 4~20°C and showed a high coefficient of determination (>80%) with low error (<3 hours) in verification experiments [Wang et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2019.04.008].