Basic Information

Symbol
PAK1
RNA class
mRNA
Alias
P21 (RAC1) Activated Kinase 1 P21/Cdc42/Rac1-Activated Kinase 1 (STE20 Homolog, Yeast) P21/Cdc42/Rac1-Activated Kinase 1 (Yeast Ste20-Related) P21 Protein (Cdc42/Rac)-Activated Kinase 1 Serine/Threonine-Protein Kinase PAK 1 STE20 Homolog, Yeast EC 2.7.11.1 Alpha-PAK P65-PAK P21-Activated Kinase 1 EC 2.7.11 PAKalpha IDDMSSD PAK-1
Location (GRCh38)
11:77321548-77474635
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002576.5
Sequence length
3459.0 nt
GC content
0.5013

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1118.34 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1182.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 872.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001128620.2 NCBI
GUACAAUAGCGCGGCUGUGGGCGGGGGAGGCUGCCCUCCCGCGGCUGCA… 3508 nt 0.4994
NM_001376268.1 NCBI
GUACAAUAGCGCGGCUGUGGGCGGGGGAGGCUGCCCUCCCGCGGCUGCA… 3505 nt 0.4996
NM_001376269.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 3163 nt 0.4758
NM_001376270.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 3160 nt 0.4759
NM_001376271.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 3295 nt 0.4728
NM_001376272.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 3135 nt 0.4772
NM_001376273.1 NCBI
GUACAAUAGCGCGGCUGUGGGCGGGGGAGGCUGCCCUCCCGCGGCUGCA… 3456 nt 0.5014
NM_001376274.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 3114 nt 0.4775
NM_001376275.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 3181 nt 0.4756
NM_001376276.1 NCBI
GUACAAUAGCGCGGCUGUGGGCGGGGGAGGCUGCCCUCCCGCGGCUGCA… 3634 nt 0.4959
Showing 1 to 10 of 35 entries
Summary

This gene encodes a family member of serine/threonine p21-activating kinases, known as PAK proteins. These proteins are critical effectors that link RhoGTPases to cytoskeleton reorganization and nuclear signaling, and they serve as targets for the small GTP binding proteins Cdc42 and Rac. This specific family member regulates cell motility and morphology. Mutations in this gene have been associated with macrocephaly, seizures, and speech delay. Overexpression of this gene is also reported in many cancer types, and particularly in breast cancer. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in humans identified the PAK1 as a central hub gene within molecular networks associated with lifetime alcohol consumption in postmortem prefrontal cortex, demonstrating its role in dendritic spine formation and remodeling as part of the neuroadaptations to chronic alcohol abuse [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159]. A study in rats demonstrated that the PAK1 mRNA was down-regulated in the frontal cortex of ethanol-preferring AA rats compared to ethanol-avoiding ANA rats, as identified through DNA macroarray analysis [Worst et al. DOI:10.1002/Jnr.20496].