Basic Information

Symbol
PAK1
RNA class
mRNA
Alias
P21 (RAC1) Activated Kinase 1 P21/Cdc42/Rac1-Activated Kinase 1 (STE20 Homolog, Yeast) P21/Cdc42/Rac1-Activated Kinase 1 (Yeast Ste20-Related) P21 Protein (Cdc42/Rac)-Activated Kinase 1 Serine/Threonine-Protein Kinase PAK 1 STE20 Homolog, Yeast EC 2.7.11.1 Alpha-PAK P65-PAK P21-Activated Kinase 1 EC 2.7.11 PAKalpha IDDMSSD PAK-1
Location (GRCh38)
11:77321548-77474635
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002576.5
Sequence length
3459.0 nt
GC content
0.5013

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1118.34 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1182.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 872.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001376287.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 3418 nt 0.4702
NM_001376288.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 2908 nt 0.4773
NM_001376289.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 3025 nt 0.4737
NM_001376290.1 NCBI
GUACAAUAGCGCGGCUGUGGGCGGGGGAGGCUGCCCUCCCGCGGCUGCA… 3336 nt 0.5027
NM_001376291.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 2991 nt 0.4781
NM_001376292.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 2976 nt 0.4755
NM_001376293.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 2973 nt 0.4756
NM_001376294.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 3099 nt 0.4724
NM_001376295.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 2937 nt 0.4804
NM_001376301.1 NCBI
GUACAAUAGCGCGGCUGUGGGCGGGGGAGGCUGCCCUCCCGCGGCUGCA… 3210 nt 0.5053
Showing 21 to 30 of 35 entries
Summary

This gene encodes a family member of serine/threonine p21-activating kinases, known as PAK proteins. These proteins are critical effectors that link RhoGTPases to cytoskeleton reorganization and nuclear signaling, and they serve as targets for the small GTP binding proteins Cdc42 and Rac. This specific family member regulates cell motility and morphology. Mutations in this gene have been associated with macrocephaly, seizures, and speech delay. Overexpression of this gene is also reported in many cancer types, and particularly in breast cancer. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in humans identified the PAK1 as a central hub gene within molecular networks associated with lifetime alcohol consumption in postmortem prefrontal cortex, demonstrating its role in dendritic spine formation and remodeling as part of the neuroadaptations to chronic alcohol abuse [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159]. A study in rats demonstrated that the PAK1 mRNA was down-regulated in the frontal cortex of ethanol-preferring AA rats compared to ethanol-avoiding ANA rats, as identified through DNA macroarray analysis [Worst et al. DOI:10.1002/Jnr.20496].