Basic Information

Symbol
PAK1
RNA class
mRNA
Alias
P21 (RAC1) Activated Kinase 1 P21/Cdc42/Rac1-Activated Kinase 1 (STE20 Homolog, Yeast) P21/Cdc42/Rac1-Activated Kinase 1 (Yeast Ste20-Related) P21 Protein (Cdc42/Rac)-Activated Kinase 1 Serine/Threonine-Protein Kinase PAK 1 STE20 Homolog, Yeast EC 2.7.11.1 Alpha-PAK P65-PAK P21-Activated Kinase 1 EC 2.7.11 PAKalpha IDDMSSD PAK-1
Location (GRCh38)
11:77321548-77474635
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002576.5
Sequence length
3459.0 nt
GC content
0.5013

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1118.34 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1182.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 872.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001376302.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 2952 nt 0.4759
NM_001376303.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 2826 nt 0.4781
NM_001376304.1 NCBI
GUACAAUAGCGCGGCUGUGGGCGGGGGAGGCUGCCCUCCCGCGGCUGCA… 3147 nt 0.5059
NM_001376305.1 NCBI
GCCUUCGCUGCCGCCCUGCGAGAGCGCGAGCGUGCUGCACCUCGGGAGC… 2903 nt 0.4778
NM_002576.5 NCBI
GUACAAUAGCGCGGCUGUGGGCGGGGGAGGCUGCCCUCCCGCGGCUGCA… 3459 nt 0.5013
Showing 31 to 35 of 35 entries
Summary

This gene encodes a family member of serine/threonine p21-activating kinases, known as PAK proteins. These proteins are critical effectors that link RhoGTPases to cytoskeleton reorganization and nuclear signaling, and they serve as targets for the small GTP binding proteins Cdc42 and Rac. This specific family member regulates cell motility and morphology. Mutations in this gene have been associated with macrocephaly, seizures, and speech delay. Overexpression of this gene is also reported in many cancer types, and particularly in breast cancer. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in humans identified the PAK1 as a central hub gene within molecular networks associated with lifetime alcohol consumption in postmortem prefrontal cortex, demonstrating its role in dendritic spine formation and remodeling as part of the neuroadaptations to chronic alcohol abuse [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159]. A study in rats demonstrated that the PAK1 mRNA was down-regulated in the frontal cortex of ethanol-preferring AA rats compared to ethanol-avoiding ANA rats, as identified through DNA macroarray analysis [Worst et al. DOI:10.1002/Jnr.20496].