Basic Information

Symbol
PAK4
RNA class
mRNA
Alias
P21 (RAC1) Activated Kinase 4 P21 Protein (Cdc42/Rac)-Activated Kinase 4 Serine/Threonine-Protein Kinase PAK 4 P21(CDKN1A)-Activated Kinase 4 EC 2.7.11.1 Protein Kinase Related To S. Cerevisiae STE20, Effector For Cdc42Hs P21-Activated Kinase 4 EC 2.7.11 KIAA1142 PAK-4
Location (GRCh38)
19:39125728-39182816
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005884.5
Sequence length
2830.0 nt
GC content
0.6495

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1264.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1312.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 649.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001014831.3 NCBI
GGAUGUUCGUUGGGGAUUCAACAUGGCGGCGGGAGUGUCCGCGGUGGUG… 6468 nt 0.5938
NM_001014832.2 NCBI
GGAUGUUCGUUGGGGAUUCAACAUGGCGGCGGGAGUGUCCGCGGUGGUG… 6169 nt 0.5965
NM_001014834.3 NCBI
GGAUGUUCGUUGGGGAUUCAACAUGGCGGCGGGAGUGUCCGCGGUGGUG… 5710 nt 0.5883
NM_001014835.2 NCBI
GGAUGUUCGUUGGGGAUUCAACAUGGCGGCGGGAGUGUCCGCGGUGGUG… 5783 nt 0.5883
NM_001394501.1 NCBI
GGGAGGACGGAGAGGCCGGAGGACAUGGGACGCAGAUCUGGAAUGACAG… 2776 nt 0.6466
NM_005884.5 NCBI
GGAUGUUCGUUGGGGAUUCAACAUGGCGGCGGGAGUGUCCGCGGUGGUG… 2830 nt 0.6495
Summary

PAK proteins, a family of serine/threonine p21-activating kinases, include PAK1, PAK2, PAK3 and PAK4. PAK proteins are critical effectors that link Rho GTPases to cytoskeleton reorganization and nuclear signaling. They serve as targets for the small GTP binding proteins Cdc42 and Rac and have been implicated in a wide range of biological activities. PAK4 interacts specifically with the GTP-bound form of Cdc42Hs and weakly activates the JNK family of MAP kinases. PAK4 is a mediator of filopodia formation and may play a role in the reorganization of the actin cytoskeleton. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PAK4 transcript, a gene encoding an anti-apoptotic kinase, increased in relative abundance within 0.5 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].