Basic Information

Symbol
PAMR1
RNA class
mRNA
Alias
Peptidase Domain Containing Associated With Muscle Regeneration 1 RAMP DKFZP586H2123 Peptidase Domain-Containing Protein Associated With Muscle Regeneration 1 Regeneration-Associated Muscle Protease Homolog Inactive Serine Protease PAMR1 Regeneration-Associated Muscle Protease Regeneration Associated Muscle Protease FP938
Location (GRCh38)
11:35431823-35530300
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001001991.3
Sequence length
2723.0 nt
GC content
0.5303

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-975.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1024.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 650.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001991.3 NCBI
AGUAGACGCUCGGGCACCAGCCGCGGCAAGGAUGGAGCUGGGUUGCUGG… 2723 nt 0.5303
NM_001282675.2 NCBI
UUCAUUAGGGCUGGAGACUUCCAUGAAGGGGCCAGUUACAGCAGGCUCC… 3128 nt 0.5208
NM_001282676.2 NCBI
AGUAGACGCUCGGGCACCAGCCGCGGCAAGGAUGGAGCUGGGUUGCUGG… 2390 nt 0.5351
NM_015430.4 NCBI
AGUAGACGCUCGGGCACCAGCCGCGGCAAGGAUGGAGCUGGGUUGCUGG… 2774 nt 0.5296
Summary

Predicted to enable calcium ion binding activity and serine-type endopeptidase activity. Predicted to be involved in proteolysis. Predicted to be located in extracellular region. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PAMR1 transcript is upregulated 1.4-fold in the dopamine cell-enriched midbrain of chronic cocaine abusers compared to controls and was diagnostic for assigning subject cohorts with 76% to 93% accuracy [Bannon et al. DOI:10.1038/Npp.2014.70]. In mice, spatial transcriptomics identified the PAMR1 transcript as enriched in a specific medial prefrontal cortex cluster corresponding to cortical layers 2/3 [Salem et al. DOI:10.1016/J.Nbd.2023.106361].