Basic Information

Symbol
PAN2
RNA class
mRNA
Alias
Poly(A) Specific Ribonuclease Subunit PAN2 KIAA0710 USP52 PAN2-PAN3 Deadenylation Complex Catalytic Subunit PAN2 Inactive Ubiquitin Carboxyl-Terminal Hydrolase 52 Poly(A)-Nuclease Deadenylation Complex Subunit 2 PAB1P-Dependent Poly(A)-Specific Ribonuclease PAN Deadenylation Complex Subunit 2 Ubiquitin Specific Peptidase 52 Ubiquitin Specific Protease 52 EC 3.1.13.4 HPAN2 PAN2 Homolog, PABP1 Dependent Poly A Specific Ribonuclease Subunit (S. Cerevisiae) PAN2 Poly(A) Specific Ribonuclease Subunit Homolog (S. Cerevisiae) PAB-Dependent Poly(A)-Specific Ribonuclease Subunit PAN2 PAB-Dependent Poly(A)-Specific Ribonuclease Subunit 2 PAN2 Poly(A) Specific Ribonuclease Subunit Homolog PAN Deadenylation Complex Catalytic Subunit 2 PAN2 Poly(A) Specific Ribonuclease Subunit PABP-Dependent Poly(A) Nuclease 2 PAB1P-Dependent Poly(A)-Nuclease
Location (GRCh38)
12:56316223-56334053
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014871.6
Sequence length
4523.0 nt
GC content
0.5065

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1572.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1654.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1103.16
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001127460.4 NCBI
ACCUUCCCCUGCCCCCGCCCCAAUUGUGGGUAACUGGCCAUUAUUGUUU… 4628 nt 0.5050
NM_001166279.3 NCBI
GCCGUAGUGGUUAGGUUGAGCCCUAGGCGUGGGGGAGAACUGGGGAAAC… 4532 nt 0.5062
NM_001394699.1 NCBI
GCCGUAGUGGUUAGGUUGAGCCCUAGGCGUGGGGGAGAACUGGGGAAAC… 4535 nt 0.5063
NM_001394700.1 NCBI
ACCUUCCCCUGCCCCCGCCCCAAUUGUGGGUAACUGGCCAUUAUUGUUU… 4616 nt 0.5052
NM_001394701.1 NCBI
GCCGUAGUGGUUAGGUUGAGCCCUAGGCGUGGGGGAGAACUGGGGAAAC… 4520 nt 0.5064
NM_001394702.1 NCBI
ACCUUCCCCUGCCCCCGCCCCAAUUGUGGGUAACUGGCCAUUAUUGUUU… 4613 nt 0.5051
NM_001394703.1 NCBI
GCCGUAGUGGUUAGGUUGAGCCCUAGGCGUGGGGGAGAACUGGGGAAAC… 4337 nt 0.5061
NM_001394704.1 NCBI
GCCGUAGUGGUUAGGUUGAGCCCUAGGCGUGGGGGAGAACUGGGGAAAC… 4334 nt 0.5060
NM_001394705.1 NCBI
GCCGUAGUGGUUAGGUUGAGCCCUAGGCGUGGGGGAGAACUGGGGAAAC… 4325 nt 0.5064
NM_001394706.1 NCBI
GCCGUAGUGGUUAGGUUGAGCCCUAGGCGUGGGGGAGAACUGGGGAAAC… 4322 nt 0.5062
Showing 1 to 10 of 13 entries
Summary

This gene encodes a deadenylase that functions as the catalytic subunit of the polyadenylate binding protein dependent poly(A) nuclease complex. The encoded protein is a magnesium dependent 3' to 5' exoribonuclease that is involved in the degradation of cytoplasmic mRNAs. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

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