Basic Information

Symbol
PARPBP
RNA class
mRNA
Alias
PARP1 Binding Protein PARI C12orf48 PCNA-Interacting Partner PARP-1 Binding Protein FLJ20641 Chromosome 12 Open Reading Frame 48 PARP1-Binding Protein AROM
Location (GRCh38)
12:102120122-102197531
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017915.5
Sequence length
3076.0 nt
GC content
0.3579

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-754.31 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -818.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 885.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.(((((..(((((..(....)..))))).((((((.(((((....)))))))))))..((.(((((((.....))))))))).....(((.....(((((((((((((((......(.(((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))...(((((.....)))))))))))).).((.((((.((..((........))..)).)))).))......))))))).(((((........))))).(((((.((((((......((((((.........)))))).....((.((((....)))).)).....)))))).)))))))))))))))).((((((((.((((.((((((.(((((((.........(((((.((..((((((..(.(((((.........((((((((((......(((((.....)))))...(((((((((((...(((.....((((((.....))))))...((((((((((((.(((((((.....((....))........)))))))..............((((((...(((((((((((....(.((....)).)....)))))))))))..........(((((...((((...))))...)))))((((((.................(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)))))))))))).......((...(((.((.............)).)))...)).((((((((.............))))))))(((((((((..(((((...))))).)))))))))((((((.((((.......)))).(((..((...))..)))..........((((((............))))))....((((.....(((((((((((.(((((...((((((.......)))))))))))...)))))((((((((............))))))))....(((((((.......)))))))((((....)))))))))).))))..))))))..))))))...))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))((((((((((......))))).)))))...((((((.((((((((..((((((.......((((((((((........))).)))))))(((...((((.............))))..)))((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((((..(((((..(((((((.((((((...((((((.(((((((.(((((..((((..((....))..))))...))))).).)))))).....(((((.((((((......(((...((.((((((.....((((..((....(((((..(((((((((((((((((((.......(((...)))....(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))........))))))))))))).((.((((....((((.(((((....)))))))))...))))))..(((....))).....)))))).)))))....))..)))).)))))).)).....)))......)))))).)))))...((((((((..(((((((.((((((.(((((((((.((......)))))))))))..))))))...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........)))))))))))))).)))))))((......))(((....(((((((....((((((.((((((((((...((((((((((((((....)))......((((....))))(((....))).....))).))).)))))...))..))))))))..))))))...)))))))....))).....(((((((.......((((((.((((..........................)))).))))))......)))))))......))))))))..............(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))..)))))).)))))))...))))).....))))))))))))))(((((....))))).((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).))))))))..(((.((((....)))).)))......((((.....)))).....))))))..)))))))).................(((((....)))))))))))...))))))..))))))..)).)))))(((((((.(((.....))))))))))..))))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{(.(((({..({(((,,(,,,,|,,|||||{((((((.(((((....)))))))))))}}.,.{{(((((.....)))))|||,....,||......(((((((({{{{{({,...{{,.{((((({((((({..,,,,|{((((((..({......|||||,.)))))))},...})))))|..(((((.....))))|,|||}||{{{((,(({(,({..,{..,.,...|},,}).)))}.,,...,,,|}|||}|.(((((........))))),{{{||,{|||||..||,.((((({......,..})))))...,.((.{{{{....)))).},..}}}))),)).}))))))))))))}}|,((((((({.((((.((((({{(((((((..,{{{{..{{{.}|,},,,,),.}}}},)))},.}},.....((((((((((......,,,{{,,,,.,,}}}...(((((((((((,,,(({.....|||{({.....})}}}}...((((((((((((,(((((((.....{{....}}........)))))))..............,(((((...(((((((((((....{.{{....})......)))))))))))..........(((((...((((...))))...))))){{{(((,,...,{((,..{,.{,(({{{{{||||{||{{{|{..,,,,)}}}.}}},,.,,,.....((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)}}}}}}}}}))...,,,.}},.,||{.{{,..,||,,.,,..)).}),,,,.,.{{((((((,.|......,.},)))))}}}{{(((((((..(((((...})))).)))))))}|((((({.((((.......)))}.(((..((...))..))).,........{(((((,........,,.)))))}....((((.....((((((,{(((,{{{(({..{||||{.,,,,,.}}}}}},,}}}...}}}}{((((((((............))))))))}...(((((((.......)))))))((((....)))))))))).))))..)))))),}))}}},...))))))))))))))))))))),)))))))))))))))))))))||((((||||}}}},,})}|}||}}}}}}}||{{{,.((((((((..((((((.......((((((((((........))).)))))))|{{,..,,{,.............,})},.,,}((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((((..(((((..(((((((.((((((.,.{(({((.(((((((,(((({.,((((.....,,..,.,,,.))))))))).,.})))))....,(((({.,,||||}}....,{{{{({(((({,,,.}}}}}}}}...,.,((({{{{{|||||,{...((((..(((((.....,)))))..))))..{{{((((,....(((({..{{||||.....}.....|{|.......}}}......,,.,))}},,,))})},.....}}}}}}}....,||,,,,|{{|{|{{|||(({((((,...,,{{.(((((....)))))}}||,..}}}|||,..,,....,||{{{{,,...,,..{{{{((....))))}.,||..{{{.{{{{..|||,,.,,,||||{{,||||{,..,,{{,,....{{{((((,{{((({.{((((((({.||,,...,))})))))))}.,||||}|.,,{({(({,,{{{(((({{{{{{(({,,,.((((((((....))))))))........,,|||,|,(({{{...|}}}}((((((((((((((((((...)))))))},)))))))))).,,{{|||||||||{,.{((((,(((((|.,|||}}}},,}},,|||||,||,.....,.(((({((((({...}))))))..)))}..|,{||||,,||,...,||,{{|,,}},||,,,|||},||,||}}.,}}}},.,,,,||,...,,.}}}}))}},|||||||||.||}}}||(((.....,,,||},}.{((((((,,,.{(((((.(((((((({(...((((((((((({,,....||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},,,}..,,.)},}))).)))))...))..)))))))),.))))))}}.)))))))....}}},,,,.|||{{{{.......{{{{{{.,,,,........,|,,,,||{|,,.})),,|})}|||}}}}......||}|}}|.}}},.}},)))}))}}}..........}||})}||{,|,,,,|||||...|{(((||.|||||,,||},,,|,,||||||||....|{{{|,,.,,,|||,,,,))),}},,,))))},,)))))))),,}},})},,}}}}.,}|}}}},})})))))}))},,..{{{(,,,...}))).,})))).,)))))).)))))))...))))).....)))))))))))))){((((....))))}.((((((((.{(.((.((.((((((((((((((((..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))).))))...})))))..,})))).,...))))).)).)),,.))))))))..,{{.((((....)))}.|||....,,|{{{.....)))},,...))))))..))))))))..............,,,(((((....))))),)))}}...{((((((((,......))))))))|((((((.(((.....))))))))),..,}))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),}))))))})))).)}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001319988.2 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 3307 nt 0.3710
NM_001319993.2 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 3184 nt 0.3646
NM_001319994.2 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 3071 nt 0.3575
NM_001319996.2 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 1038 nt 0.3410
NM_001382721.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2905 nt 0.3570
NM_001382722.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2842 nt 0.3593
NM_001382723.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2818 nt 0.3552
NM_001382724.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2713 nt 0.3524
NM_001382725.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2940 nt 0.3602
NM_001382726.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2479 nt 0.3534
Showing 1 to 10 of 64 entries
Summary

Predicted to enable DNA binding activity. Involved in negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination. Located in chromatin and nucleoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in cultured human aortic endothelial cells demonstrated that the PARPBP mRNA was one of eleven most-significantly regulated transcripts at 24 hours post-irradiation, functioning as a marker to differentiate unirradiated (0 Gy) samples from those exposed to X-ray doses of 1-10 Gy [Chopra et al. DOI:10.1038/s41598-022-24051-6].