Basic Information

Symbol
PARPBP
RNA class
mRNA
Alias
PARP1 Binding Protein PARI C12orf48 PCNA-Interacting Partner PARP-1 Binding Protein FLJ20641 Chromosome 12 Open Reading Frame 48 PARP1-Binding Protein AROM
Location (GRCh38)
12:102120122-102197531
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017915.5
Sequence length
3076.0 nt
GC content
0.3579

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-754.31 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -818.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 885.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.(((((..(((((..(....)..))))).((((((.(((((....)))))))))))..((.(((((((.....))))))))).....(((.....(((((((((((((((......(.(((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))...(((((.....)))))))))))).).((.((((.((..((........))..)).)))).))......))))))).(((((........))))).(((((.((((((......((((((.........)))))).....((.((((....)))).)).....)))))).)))))))))))))))).((((((((.((((.((((((.(((((((.........(((((.((..((((((..(.(((((.........((((((((((......(((((.....)))))...(((((((((((...(((.....((((((.....))))))...((((((((((((.(((((((.....((....))........)))))))..............((((((...(((((((((((....(.((....)).)....)))))))))))..........(((((...((((...))))...)))))((((((.................(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)))))))))))).......((...(((.((.............)).)))...)).((((((((.............))))))))(((((((((..(((((...))))).)))))))))((((((.((((.......)))).(((..((...))..)))..........((((((............))))))....((((.....(((((((((((.(((((...((((((.......)))))))))))...)))))((((((((............))))))))....(((((((.......)))))))((((....)))))))))).))))..))))))..))))))...))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))((((((((((......))))).)))))...((((((.((((((((..((((((.......((((((((((........))).)))))))(((...((((.............))))..)))((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((((..(((((..(((((((.((((((...((((((.(((((((.(((((..((((..((....))..))))...))))).).)))))).....(((((.((((((......(((...((.((((((.....((((..((....(((((..(((((((((((((((((((.......(((...)))....(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))........))))))))))))).((.((((....((((.(((((....)))))))))...))))))..(((....))).....)))))).)))))....))..)))).)))))).)).....)))......)))))).)))))...((((((((..(((((((.((((((.(((((((((.((......)))))))))))..))))))...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........)))))))))))))).)))))))((......))(((....(((((((....((((((.((((((((((...((((((((((((((....)))......((((....))))(((....))).....))).))).)))))...))..))))))))..))))))...)))))))....))).....(((((((.......((((((.((((..........................)))).))))))......)))))))......))))))))..............(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))..)))))).)))))))...))))).....))))))))))))))(((((....))))).((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).))))))))..(((.((((....)))).)))......((((.....)))).....))))))..)))))))).................(((((....)))))))))))...))))))..))))))..)).)))))(((((((.(((.....))))))))))..))))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{(.(((({..({(((,,(,,,,|,,|||||{((((((.(((((....)))))))))))}}.,.{{(((((.....)))))|||,....,||......(((((((({{{{{({,...{{,.{((((({((((({..,,,,|{((((((..({......|||||,.)))))))},...})))))|..(((((.....))))|,|||}||{{{((,(({(,({..,{..,.,...|},,}).)))}.,,...,,,|}|||}|.(((((........))))),{{{||,{|||||..||,.((((({......,..})))))...,.((.{{{{....)))).},..}}}))),)).}))))))))))))}}|,((((((({.((((.((((({{(((((((..,{{{{..{{{.}|,},,,,),.}}}},)))},.}},.....((((((((((......,,,{{,,,,.,,}}}...(((((((((((,,,(({.....|||{({.....})}}}}...((((((((((((,(((((((.....{{....}}........)))))))..............,(((((...(((((((((((....{.{{....})......)))))))))))..........(((((...((((...))))...))))){{{(((,,...,{((,..{,.{,(({{{{{||||{||{{{|{..,,,,)}}}.}}},,.,,,.....((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)}}}}}}}}}))...,,,.}},.,||{.{{,..,||,,.,,..)).}),,,,.,.{{((((((,.|......,.},)))))}}}{{(((((((..(((((...})))).)))))))}|((((({.((((.......)))}.(((..((...))..))).,........{(((((,........,,.)))))}....((((.....((((((,{(((,{{{(({..{||||{.,,,,,.}}}}}},,}}}...}}}}{((((((((............))))))))}...(((((((.......)))))))((((....)))))))))).))))..)))))),}))}}},...))))))))))))))))))))),)))))))))))))))))))))||((((||||}}}},,})}|}||}}}}}}}||{{{,.((((((((..((((((.......((((((((((........))).)))))))|{{,..,,{,.............,})},.,,}((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((((..(((((..(((((((.((((((.,.{(({((.(((((((,(((({.,((((.....,,..,.,,,.))))))))).,.})))))....,(((({.,,||||}}....,{{{{({(((({,,,.}}}}}}}}...,.,((({{{{{|||||,{...((((..(((((.....,)))))..))))..{{{((((,....(((({..{{||||.....}.....|{|.......}}}......,,.,))}},,,))})},.....}}}}}}}....,||,,,,|{{|{|{{|||(({((((,...,,{{.(((((....)))))}}||,..}}}|||,..,,....,||{{{{,,...,,..{{{{((....))))}.,||..{{{.{{{{..|||,,.,,,||||{{,||||{,..,,{{,,....{{{((((,{{((({.{((((((({.||,,...,))})))))))}.,||||}|.,,{({(({,,{{{(((({{{{{{(({,,,.((((((((....))))))))........,,|||,|,(({{{...|}}}}((((((((((((((((((...)))))))},)))))))))).,,{{|||||||||{,.{((((,(((((|.,|||}}}},,}},,|||||,||,.....,.(((({((((({...}))))))..)))}..|,{||||,,||,...,||,{{|,,}},||,,,|||},||,||}}.,}}}},.,,,,||,...,,.}}}}))}},|||||||||.||}}}||(((.....,,,||},}.{((((((,,,.{(((((.(((((((({(...((((((((((({,,....||{{,,.,{{({|,,....}}|||}}},,,}..,,.)},}))).)))))...))..)))))))),.))))))}}.)))))))....}}},,,,.|||{{{{.......{{{{{{.,,,,........,|,,,,||{|,,.})),,|})}|||}}}}......||}|}}|.}}},.}},)))}))}}}..........}||})}||{,|,,,,|||||...|{(((||.|||||,,||},,,|,,||||||||....|{{{|,,.,,,|||,,,,))),}},,,))))},,)))))))),,}},})},,}}}}.,}|}}}},})})))))}))},,..{{{(,,,...}))).,})))).,)))))).)))))))...))))).....)))))))))))))){((((....))))}.((((((((.{(.((.((.((((((((((((((((..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))).))))...})))))..,})))).,...))))).)).)),,.))))))))..,{{.((((....)))}.|||....,,|{{{.....)))},,...))))))..))))))))..............,,,(((((....))))),)))}}...{((((((((,......))))))))|((((((.(((.....))))))))),..,}))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),}))))))})))).)}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001400878.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2381 nt 0.3461
NM_001400879.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2598 nt 0.3614
NM_001400880.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2535 nt 0.3609
NM_001400881.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2427 nt 0.3605
NM_001400883.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2406 nt 0.3533
NM_001400885.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2327 nt 0.3520
NM_001400886.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2343 nt 0.3560
NM_001400887.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2416 nt 0.3502
NM_001400888.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2421 nt 0.3507
NM_001400889.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2572 nt 0.3542
Showing 41 to 50 of 64 entries
Summary

Predicted to enable DNA binding activity. Involved in negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination. Located in chromatin and nucleoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in cultured human aortic endothelial cells demonstrated that the PARPBP mRNA was one of eleven most-significantly regulated transcripts at 24 hours post-irradiation, functioning as a marker to differentiate unirradiated (0 Gy) samples from those exposed to X-ray doses of 1-10 Gy [Chopra et al. DOI:10.1038/s41598-022-24051-6].