Basic Information

Symbol
PARPBP
RNA class
mRNA
Alias
PARP1 Binding Protein PARI C12orf48 PCNA-Interacting Partner PARP-1 Binding Protein FLJ20641 Chromosome 12 Open Reading Frame 48 PARP1-Binding Protein AROM
Location (GRCh38)
12:102120122-102197531
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017915.5
Sequence length
3076.0 nt
GC content
0.3579

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-754.31 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -818.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 885.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001400890.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2569 nt 0.3566
NM_001400891.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2264 nt 0.3547
NM_001400892.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2493 nt 0.3530
NM_001400893.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2606 nt 0.3619
NM_001400894.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2342 nt 0.3493
NM_001400895.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2337 nt 0.3487
NM_001400902.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2235 nt 0.3553
NM_001400903.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2464 nt 0.3535
NM_001400905.1 NCBI
GGUCGUAGCAAAGUGCCGUGGGACCGAAGUAUUAUGGUGCAGUGACUUG… 1507 nt 0.4313
NM_001400906.1 NCBI
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCC… 2172 nt 0.3545
Showing 51 to 60 of 64 entries
Summary

Predicted to enable DNA binding activity. Involved in negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination. Located in chromatin and nucleoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in cultured human aortic endothelial cells demonstrated that the PARPBP mRNA was one of eleven most-significantly regulated transcripts at 24 hours post-irradiation, functioning as a marker to differentiate unirradiated (0 Gy) samples from those exposed to X-ray doses of 1-10 Gy [Chopra et al. DOI:10.1038/s41598-022-24051-6].