Basic Information

Symbol
PATL2
RNA class
mRNA
Alias
PAT1 Homolog 2 Pat1a Protein PAT1 Homolog 2 Protein PAT1 Homolog A PAT1-Like Protein 2 HPat1a Protein Associated With Topoisomerase II Homolog 2 (Yeast) Protein Associated With Topoisomerase II Homolog 2 OZEMA4 OOMD4
Location (GRCh38)
15:44665732-44711370
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001387263.1
Sequence length
2410.0 nt
GC content
0.5137

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-820.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -859.17 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 620.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001145112.2 NCBI
AGUCAGGUGGUUUACCUUCCAGAGGCUGGCAAUGCUGUUUCACUGGAGG… 1937 nt 0.5204
NM_001330283.2 NCBI
AGUCAGGUGGUUUACCUUCCAGAGGCUGGCAAUGCUGUUUCACUGGAGG… 1852 nt 0.5184
NM_001387260.1 NCBI
GUUUUCAGUUUCCUUUUCUUAGAGUCUCGUGAUGUUUAAGAAGGCAUGC… 1894 nt 0.5180
NM_001387261.1 NCBI
GCUGUCUGUACAUCGGCGCCCUCCGAUCUGGGGUGCGCGCCCCAGCUUG… 2232 nt 0.5220
NM_001387262.1 NCBI
GCUGUCUGUACAUCGGCGCCCUCCGAUCUGGGGUGCGCGCCCCAGCUUG… 2500 nt 0.5108
NM_001387263.1 NCBI
GCUGUCUGUACAUCGGCGCCCUCCGAUCUGGGGUGCGCGCCCCAGCUUG… 2410 nt 0.5137
NM_001387264.1 NCBI
AGUCAGGUGGUGGGUGUCGGCAGCAAGGCAUCACCACACUCGGACGGUG… 1983 nt 0.5260
Summary

Predicted to enable RNA binding activity. Predicted to be involved in P-body assembly; deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA; and negative regulation of translation. Predicted to act upstream of or within negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly. Located in cytoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

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