Basic Information

Symbol
PAX7
RNA class
mRNA
Alias
Paired Box 7 Hup1 Paired Box Protein Pax-7 PAX7 Transcriptional Factor Paired Box Homeotic Gene 7 Paired Domain Gene 7 Paired Box Gene 7 CMYO19 CMYP19 MYOSCO PAX7B RMS2 HUP1 HuP1
Location (GRCh38)
1:18630846-18748876
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001135254.2
Sequence length
6213.0 nt
GC content
0.5488

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2399.54 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2504.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1674.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001135254.2 NCBI
AACACUUUUGCACAACUUACCCAGCUGAUCACUCGCGCCCCCUCGCUUU… 6213 nt 0.5488
NM_002584.3 NCBI
AACACUUUUGCACAACUUACCCAGCUGAUCACUCGCGCCCCCUCGCUUU… 2420 nt 0.6182
NM_013945.3 NCBI
AACACUUUUGCACAACUUACCCAGCUGAUCACUCGCGCCCCCUCGCUUU… 2414 nt 0.6189
Summary

This gene is a member of the paired box (PAX) family of transcription factors. Members of this gene family typically contain a paired box domain, an octapeptide, and a paired-type homeodomain. These genes play critical roles during fetal development and cancer growth. The specific function of the paired box 7 gene is unknown but speculated to involve tumor suppression since fusion of this gene with a forkhead domain family member has been associated with alveolar rhabdomyosarcoma. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the PAX7 is upregulated in a time-dependent manner during skeletal muscle wound healing, with its relative protein quantity peaking at 5 days post-injury (>1.13) and a relative protein level >0.73 or mRNA level >2.38 suggesting a wound age of 3 to 7 days [Tian et al. DOI:10.1007/s00414-015-1251-x]. Subsequent research confirmed these time-dependent expression patterns, establishing that a PAX7 mRNA level >2.44 also indicates a wound age of 3 to 7 days post-contusion, supporting its utility as a candidate biomarker for forensic wound age estimation in skeletal muscle [Tian et al. DOI:10.1007/s00414-023-02971-w].