Basic Information

Symbol
PAX9
RNA class
mRNA
Alias
Paired Box 9 Paired Box Protein Pax-9 Paired Domain Gene 9 Paired Box Gene 9 STHAG3
Location (GRCh38)
14:36657568-36679362
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001372076.1
Sequence length
4166.0 nt
GC content
0.4340

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1149.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1232.80 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1263.93
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001372076.1 NCBI
AGCCCAGCCCACGUUGCUGCUUAGAUUGAAAUGCAGAACUCAAGCCUCU… 4166 nt 0.4340
NM_006194.4 NCBI
CCCUCCCCUGCUCUCGCAAGGAGAAAGCGGGCGACGAGCGCUCGCAGCC… 4662 nt 0.4580
Summary

This gene is a member of the paired box (PAX) family of transcription factors. Members of this gene family typically contain a paired box domain, an octapeptide, and a paired-type homeodomain. These genes play critical roles during fetal development and cancer growth. Mice lacking this gene exhibit impaired development of organs, musculature and the skeleton, including absent and abnormally developed teeth, and neonatal lethality. Mutations in the human gene are associated with selective tooth agenesis-3. [provided by RefSeq, Sep 2015]

Forensic Context

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