Basic Information

Symbol
PBK
RNA class
mRNA
Alias
PDZ Binding Kinase Nori-3 TOPK CT84 SPK T-LAK Cell-Originated Protein Kinase Cancer/Testis Antigen 84 Lymphokine-Activated Killer T-Cell-Originated Protein Kinase Spermatogenesis-Related Protein Kinase MAPKK-Like Protein Kinase FLJ14385 Serine/Threonine Protein Kinase Epididymis Luminal Protein 164 PDZ-Binding Kinase EC 2.7.12.2 HEL164
Location (GRCh38)
8:27809621-27838082
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018492.4
Sequence length
1836.0 nt
GC content
0.3720

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-452.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -491.36 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 515.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001278945.2 NCBI
GAAAGCCAGGAGGGUUCGAAUUGCAACGGCAGCUGCCGGGCGUAUGUGU… 1811 nt 0.3683
NM_001363040.2 NCBI
GAAAGCCAGGAGGGUUCGAAUUGCAACGGCAGCUGCCGGGCGUAUGUGU… 1778 nt 0.3667
NM_018492.4 NCBI
GAAAGCCAGGAGGGUUCGAAUUGCAACGGCAGCUGCCGGGCGUAUGUGU… 1836 nt 0.3720
Summary

This gene encodes a serine/threonine protein kinase related to the dual specific mitogen-activated protein kinase kinase (MAPKK) family. Evidence suggests that mitotic phosphorylation is required for its catalytic activity. The encoded protein may be involved in the activation of lymphoid cells and support testicular functions, with a suggested role in the process of spermatogenesis. Overexpression of this gene has been implicated in tumorigenesis. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2013] CIViC Summary for PBK Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PBK transcript, a gene expression marker for immune response, was upregulated 5.6-fold in the injured ipsilateral neocortex three days after a closed head weight-drop injury [Israelsson et al. DOI:10.1089/neu.2008.0676]. In a separate investigation using mouse models of burn injury and trauma-hemorrhage, the PBK was identified as a gene expression marker for immune response and was found to be upregulated in common in splenocytes at day seven post-injury [Lederer et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00086.2007].