Basic Information

Symbol
PBX3
RNA class
mRNA
Alias
PBX Homeobox 3 Pre-B-Cell Leukemia Transcription Factor 3 Pre-B-Cell Leukemia Homeobox 3 Homeobox Protein PBX3
Location (GRCh38)
9:125746737-125967377
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006195.6
Sequence length
2840.0 nt
GC content
0.4401

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-797.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -849.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 734.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001134778.2 NCBI
GCAGUCGGCCGGCCUCCUCUGCACAGGAGCGGACGCGGGAGCCCCUCCG… 2805 nt 0.4367
NM_001330782.2 NCBI
CUCCUCCCUCGUCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCUCAGCCUUCGCCUCA… 2727 nt 0.4389
NM_001411009.1 NCBI
CUCCUCCCUCGUCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCUCAGCCUUCGCCUCA… 2903 nt 0.4406
NM_006195.6 NCBI
CUCCUCCCUCGUCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCUCAGCCUUCGCCUCA… 2840 nt 0.4401
Summary

Predicted to enable DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific. Predicted to be involved in several processes, including embryonic organ development; eye development; and nervous system development. Predicted to act upstream of or within several processes, including adult locomotory behavior; dorsal spinal cord development; and regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process. Predicted to be located in chromatin. Predicted to be part of transcription regulator complex. Biomarker of esophagus squamous cell carcinoma. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that binge-like ethanol consumption via a drinking-in-the-dark paradigm altered the expression of the PBX3 in the prefrontal cortex, as identified by RNA-seq analysis [Vallerini et al. DOI:10.1016/J.Neuroscience.2020.09.010].