Basic Information
Symbol
PCBP2
RNA class
mRNA
Alias
Poly(RC) Binding Protein 2
Poly(RC)-Binding Protein 2
HnRNP-E2
HNRNPE2
HNRPE2
Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein E2
Heterogenous Nuclear Ribonucleoprotein E2
Alpha-CP2
HnRNP E2
Epididymis Secretory Sperm Binding Protein
Location (GRCh38)
12:53451900-53481162
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_031989.5
Sequence length
3159.0 nt
GC content
0.4881
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-957.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1017.98 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1002.16
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| CCCAGACCAGCAGAGGCAGCAGCCGGAGCAGCCGCAGCCUGCGCCCUCU… | 3066 nt | 0.4840 | |
| CCCAGACCAGCAGAGGCAGCAGCCGGAGCAGCCGCAGCCUGCGCCCUCU… | 3168 nt | 0.4883 | |
| CCCAGACCAGCAGAGGCAGCAGCCGGAGCAGCCGCAGCCUGCGCCCUCU… | 3156 nt | 0.4880 | |
| CCCAGACCAGCAGAGGCAGCAGCCGGAGCAGCCGCAGCCUGCGCCCUCU… | 3078 nt | 0.4844 | |
| CCCAGACCAGCAGAGGCAGCAGCCGGAGCAGCCGCAGCCUGCGCCCUCU… | 3027 nt | 0.4836 | |
| CCCAGACCAGCAGAGGCAGCAGCCGGAGCAGCCGCAGCCUGCGCCCUCU… | 3171 nt | 0.4885 | |
| CCCAGACCAGCAGAGGCAGCAGCCGGAGCAGCCGCAGCCUGCGCCCUCU… | 3159 nt | 0.4881 |
Summary
The protein encoded by this gene appears to be multifunctional. Along with PCBP-1 and hnRNPK, it is one of the major cellular poly(rC)-binding proteins. The encoded protein contains three K-homologous (KH) domains which may be involved in RNA binding. Together with PCBP-1, this protein also functions as a translational coactivator of poliovirus RNA via a sequence-specific interaction with stem-loop IV of the IRES, promoting poliovirus RNA replication by binding to its 5'-terminal cloverleaf structure. It has also been implicated in translational control of the 15-lipoxygenase mRNA, human papillomavirus type 16 L2 mRNA, and hepatitis A virus RNA. The encoded protein is also suggested to play a part in formation of a sequence-specific alpha-globin mRNP complex which is associated with alpha-globin mRNA stability. This multiexon structural mRNA is thought to be retrotransposed to generate PCBP-1, an intronless gene with functions similar to that of PCBP2. This gene and PCBP-1 have paralogous genes (PCBP3 and PCBP4) which are thought to have arisen as a result of duplication events of entire genes. This gene also has two processed pseudogenes (PCBP2P1 and PCBP2P2). Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2018]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the PCBP2 mRNA was down-regulated (0.22-fold) in bone marrow cells 6 hours after a 6.5 Gy whole-body ionizing radiation exposure [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389].