Basic Information

Symbol
PCBP3
RNA class
mRNA
Alias
Poly(RC) Binding Protein 3 Poly(RC)-Binding Protein 3 PCBP3-OT1 PCBP3OT Poly(RC) Binding Protein 3 Overlapping Transcript PCBP3 Overlapping Transcript 1 PCBP3-Overlapping Transcript FLJ44028 PCBP3 Overlapping Transcript (Non-Protein Coding) PCBP3-Overlapping Transcript 1 ALPHA-CP3 Alpha-CP3
Location (GRCh38)
21:45643694-45942454
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001384156.1
Sequence length
2282.0 nt
GC content
0.5802

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-836.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -877.05 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 604.23
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((....(((.((((...)))).))).)))))))....)))...(((((.((....((((((((((.((((.((((((((..(((((....(((........)))))))))))))......))).)).)).)))).......((((((....))))))((((((.((((.(((((...((((.(...((((((........)))).))....).))))..((((...((((((.((((.....((((((((((((...((((...((((((((((......((((....))))((((((.......(((.(((......))).)))......))))))((((((.(((...(((((((((...(((((((..((((((.((((((......(((............((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....)))))))(((((.(((((.(((((.(((((....(((.....)))....))))).))..))).))))).....(((((.((((...........)))).))))).........((((((.(((.((((......(((((..(((((((((...)))))))))))))))))).((((...((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))))))))).)))))).((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......(((((((((..(....)..))))).....))))...........)))))...))))))....))))))...))))..))))).....(..((((((......(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))........((((((.....))))))))))))..)((..(((....)))..))........))))))).))))).)))).....)))))))))....)))))).)))))).....................)))))))...)))))))))))).))))))..((((...((((((((.((..(((...(((....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).))))).....))).....)).)..)).))))))))...))))........(((.((((((..........)))))).)))........)))))))..)))..(((((...............))))).(((((.........))))).))))..)))))))........))))).....)))).))))))....)))).((((((((((((...(((((((.....(((((.......)))))....(((((((.((((..((((....))))))))))....................((((((.((.(.((((...)))).)...)).)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.((..(((.(((((.(((..((((.....((((((.........))).)))(((...(((..(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).))))..)))..))))))))..)).)).))))).))))))))).)))))))..))))))))).))).))))))))))))(((((((...))))))).))))).)))).))))))(((((((.((((((....)))))).))))))).))))))((((.(((((((((.......(((....)))))))))))).))))............)).))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({((((((..,,(((,((((,..}})),))}.})))))}....)))...{{{(({((....,{{{{(((({.(({,{((.(((((..(((((...,(((........))))))))))))).}}}..)}..))))}.)))).,.....((((((....))))))((((((.((((.(((({,{,{{{{.{...{{((((........)))).}|,...|.)))},.((((...((((((.((((.....((((((((((((...((((...((((((((((....,,(({{....||}|((((((.......(((.(((......))).)))......))))))|((((.{(,,((.(((((((((...(((((((..{{(((({{((((({((({{,((,,{,.....,,.|||,{(,(((({(((((,(((((.{({{((((((((((.(((({{{{(,,{....((((((((.,(((.(({.((((((.,({((.((((.....)))).)},))...(((.(....).)))....)))))).)}}..)))..((((((((((..((((.((((((.,..........,}....)))))).)))).....{{......}}........)))).)))))).))).))))),)))).........))))))).....)))))))}}||..(((((.,.}}}}|{{({...,(((.,,..}}}.,..|||,}.})||,}}},,}},.....{{{{{,(({(|,...,,,,..}}}},))))}....||,,,((((((,((,.{{{,.{{{{..,|}}}.|||||{|||,,,|||}}}|||,}|||||||{(((({,{{{{,..,,.{{|(((..{{{{..,}.)))),})))}))}}),||}}}}}}))}}}.||||||,((((...((((((((((((....((((({.({((((..,.....((((((.((((((((((,((,.,,,(((.....)))...,,)})))).))).)))).))))))..,||,.|||..,})).}))..}})))).....,...((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......{{{{{((({..{....,..))))).....)))}..,,.},,,..)))))...))))))....))))))...)))}..}},}}},.,}|}}|{{{{,......((((({..(((((...((.((......)})).)))))..)))))......,{((((((.....)))))))))}}},.,{{,.{{{....)))..)).,},,}),))))})).}}}}}.,}))}}}..}))))})}}...,|||}|}|},,})).}},........,........)))))))...))))))))).))..)).))},((((...((((((((.((..,((,{{{,{....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).)))))..,,}))|.....,,....)).))))))))...))))........(((.((((((...,,...,,)))))).))).,}}}...)))))))..))}..(((((.,.............))))).,{(({.........})))}.))))..)))))))........))))).....)))).))))))...,)))).((((((((((((...{(((((({{,{{(({{{.......,})),..}}|||,(((.((((..((((....)))))))))))....,,,,,....,,,,..((((((.((.(.((((...)))).)...)}.)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.{{,{(((((((((,(((..(((,.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))))))),})),)).))))).))))))))).)))))))..,))).)))).))}.)))))))))))),((((((...)))))))}))))).)))).))))))(((((((.((((((....)))))).))))))).))))))|{|(.(((((((({......,(((....)))))))))))).))}}............,..))))).....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001382288.1 NCBI
GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCU… 2203 nt 0.5865
NM_001384156.1 NCBI
GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCU… 2282 nt 0.5802
NM_020528.3 NCBI
AUUGAGAACGAAAGUACACGCCAUGGUGUGGGAGCAGCCUGACCAUCGG… 2237 nt 0.5579
Showing 21 to 23 of 23 entries
Summary

This gene encodes a member of the KH-domain protein subfamily. Proteins of this subfamily, also referred to as alpha-CPs, bind to RNA with a specificity for C-rich pyrimidine regions. Alpha-CPs play important roles in post-transcriptional activities and have different cellular distributions. The protein encoded by this gene lacks the nuclear localization signals found in other subfamily members. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Jan 2017]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PCBP3 was identified as a high-confidence gene in common between mice and humans within the top 10% of genes related to lifetime alcohol consumption in postmortem prefrontal cortex [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159].