Basic Information

Symbol
PCCA
RNA class
mRNA
Alias
Propionyl-CoA Carboxylase Subunit Alpha Propionyl-CoA Carboxylase Alpha Chain, Mitochondrial Propionyl Coenzyme A Carboxylase, Alpha Polypeptide EC 6.4.1.3 Propanoyl-CoA:Carbon Dioxide Ligase Alpha Subunit Propanoyl-CoA:Carbon Dioxide Ligase Subunit Alpha Propionyl CoA Carboxylase, Alpha Polypeptide Propionyl-CoA Carboxylase Alpha Subunit PccA Complementation Group PCCase Alpha Subunit PCCase Subunit Alpha EC 6.4.1
Location (GRCh38)
13:100089015-100530437
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Forensic tag(s)
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HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000282.4
Sequence length
2484.0 nt
GC content
0.4444

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-734.97 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -780.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 694.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000282.4 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2484 nt 0.4444
NM_001127692.3 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2406 nt 0.4464
NM_001178004.2 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2343 nt 0.4405
NM_001352605.2 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2430 nt 0.4444
NM_001352606.2 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2340 nt 0.4406
NM_001352607.2 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2265 nt 0.4424
NM_001352608.2 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2262 nt 0.4425
NM_001352609.2 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2096 nt 0.4523
NM_001352610.2 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2405 nt 0.4407
NM_001352611.2 NCBI
AGCAGAGGGGCGGUCUGCGGGGACAACAAUGGCGGGGUUCUGGGUCGGG… 2351 nt 0.4407
Showing 1 to 10 of 11 entries
Summary

The protein encoded by this gene is the alpha subunit of the heterodimeric mitochondrial enzyme Propionyl-CoA carboxylase. PCCA encodes the biotin-binding region of this enzyme. Mutations in either PCCA or PCCB (encoding the beta subunit) lead to an enzyme deficiency resulting in propionic acidemia. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PCCA gene is downregulated in the adipose tissue of heavier monozygotic co-twins with acquired obesity, where it is involved in mitochondrial metabolism [van der Kolk et al. DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100226].