Basic Information

Symbol
PCDH10
RNA class
mRNA
Alias
Protocadherin 10 KIAA1400 OL-PCDH Protocadherin-10 PCDH19
Location (GRCh38)
4:133149294-133208606
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032961.3
Sequence length
8510.0 nt
GC content
0.4193

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2427.74 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2586.96 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2463.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_020815.3 NCBI
AGAAACUGCCAGCCCAGACCACAGGCUCAGAGGCUGAAGCAGGAGGAAG… 4595 nt 0.5382
NM_032961.3 NCBI
AGAAACUGCCAGCCCAGACCACAGGCUCAGAGGCUGAAGCAGGAGGAAG… 8510 nt 0.4193
Summary

This gene belongs to the protocadherin gene family, a subfamily of the cadherin superfamily. This family member contains 6 extracellular cadherin domains, a transmembrane domain and a cytoplasmic tail differing from those of the classical cadherins. The encoded protein is a cadherin-related neuronal receptor thought to function in the establishment of specific cell-cell connections in the brain. This gene plays a role in inhibiting cancer cell motility and cell migration. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic cocaine exposure and withdrawal significantly alter the nucleus accumbens transcriptome, with protocadherin 10 (PCDH10) showing a sustained increase in expression and enrichment in postsynaptic densities, where its protein levels were 24% higher in cocaine-treated animals compared to saline controls [Eipper-Mains et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2012.00873.X].