Basic Information

Symbol
PCDH15
RNA class
mRNA
Alias
Protocadherin Related 15 CDHR15 USH1F Cadherin-Related Family Member 15 Protocadherin-15 DFNB23 Deafness, Autosomal Recessive 23 Protocadherin 15
Location (GRCh38)
10:53802771-55627942
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001384140.1
Sequence length
9366.0 nt
GC content
0.3890

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2409.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2597.85 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2212.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001142773.2 NCBI
GUUAGUUGCUUGUGGUAACUAAGGCAGGUGGCAUACAUCUCAGAACGUG… 6893 nt 0.4201
NM_001354404.2 NCBI
GCUAUCAGGAGGAGCAAAAGGGAAGGAUCUGCUGCUGGGGGCUCGCUGG… 6923 nt 0.4271
NM_001354411.2 NCBI
GUUAGUUGCUUGUGGUAACUAAGGCAGGUGGCAUACAUCUCAGAACGUG… 6309 nt 0.4289
NM_001354420.2 NCBI
GUUAGUUGCUUGUGGUAACUAAGGCAGGUGGCAUACAUCUCAGAACGUG… 9171 nt 0.3876
NM_001354429.2 NCBI
GUUAGUUGCUUGUGGUAACUAAGGCAGGUGGCAUACAUCUCAGAACGUG… 9300 nt 0.3885
NM_001354430.2 NCBI
GUUAGUUGCUUGUGGUAACUAAGGCAGGUGGCAUACAUCUCAGAACGUG… 4280 nt 0.3935
NM_001384140.1 NCBI
GUUAGUUGCUUGUGGUAACUAAGGCAGGUGGCAUACAUCUCAGAACGUG… 9366 nt 0.3890
NM_033056.4 NCBI
GUUAGUUGCUUGUGGUAACUAAGGCAGGUGGCAUACAUCUCAGAACGUG… 6962 nt 0.4203
Showing 11 to 18 of 18 entries
Summary

This gene is a member of the cadherin superfamily. Family members encode integral membrane proteins that mediate calcium-dependent cell-cell adhesion. It plays an essential role in maintenance of normal retinal and cochlear function. Mutations in this gene result in hearing loss and Usher Syndrome Type IF (USH1F). Extensive alternative splicing resulting in multiple isoforms has been observed in the mouse ortholog. Similar alternatively spliced transcripts are inferred to occur in human, and additional variants are likely to occur. [provided by RefSeq, Dec 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that perinatal lead (Pb) exposure altered adult hippocampal cell composition and gene expression, identifying the PCDH15 as a marker gene for neuronal clusters [Bakulski et al. DOI:10.1093/toxsci/kfaa069]. In human Alzheimer's disease (AD) brain tissue, single-nucleus RNA sequencing analysis utilized the PCDH15 as a specific marker for the manual annotation of inhibitory neuron clusters [Weiqi Xue et al. DOI:10.3233/JAD-230559].