Basic Information

Symbol
PCDH7
RNA class
mRNA
Alias
Protocadherin 7 BH-Pcdh PPP1R120 Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 120 BH-Protocadherin (Brain-Heart) Brain-Heart Protocadherin Protocadherin-7 BHPCDH
Location (GRCh38)
4:30720369-31146805
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001173523.2
Sequence length
8773.0 nt
GC content
0.4718

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2842.55 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001173523.2 NCBI
GAAUCGCGCACAGCGCUGCAGAUCCCACUGCUCCGACAUGCGGGCCGAA… 8773 nt 0.4718
NM_002589.4 NCBI
GAAUCGCGCACAGCGCUGCAGAUCCCACUGCUCCGACAUGCGGGCCGAA… 6449 nt 0.4988
NM_032457.4 NCBI
GAAUCGCGCACAGCGCUGCAGAUCCCACUGCUCCGACAUGCGGGCCGAA… 8749 nt 0.4718
Summary

This gene belongs to the protocadherin gene family, a subfamily of the cadherin superfamily. The gene encodes a protein with an extracellular domain containing 7 cadherin repeats. The gene product is an integral membrane protein that is thought to function in cell-cell recognition and adhesion. Alternative splicing yields isoforms with unique cytoplasmic tails. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human skin demonstrated that the PCDH7 was significantly up-regulated in burned tissue compared to normal skin, being categorized as a cell adhesion gene altered during the early wound repair process following thermal injury [Greco et al. DOI:10.1016/j.burns.2009.06.211]. A separate single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the orthologous rat gene for the PCDH7 as being associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].