Basic Information

Symbol
PCDHA9
RNA class
mRNA
Alias
Protocadherin Alpha 9 PCDH-ALPHA9 KIAA0345 Protocadherin Alpha-9 KIAA0345-Like 5 PCDH-Alpha-9
Location (GRCh38)
5:140847772-141012347
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_031857.2
Sequence length
5377.0 nt
GC content
0.4876

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1833.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1924.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1236.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_014005.4 NCBI
CUCGCUUUUCUUGCAAUAUUUUAUACCUUUUCAAUUCAUAGAAUUACUC… 6388 nt 0.4544
NM_031857.2 NCBI
ACUCUCUCUGUGCUGAACGAUGGCGAACACAGCAGAAUGGGACUGACGA… 5377 nt 0.4876
Summary

This gene is a member of the protocadherin alpha gene cluster, one of three related gene clusters tandemly linked on chromosome five that demonstrate an unusual genomic organization similar to that of B-cell and T-cell receptor gene clusters. The alpha gene cluster is composed of 15 cadherin superfamily genes related to the mouse CNR genes and consists of 13 highly similar and 2 more distantly related coding sequences. The tandem array of 15 N-terminal exons, or variable exons, are followed by downstream C-terminal exons, or constant exons, which are shared by all genes in the cluster. The large, uninterrupted N-terminal exons each encode six cadherin ectodomains while the C-terminal exons encode the cytoplasmic domain. These neural cadherin-like cell adhesion proteins are integral plasma membrane proteins that most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell connections in the brain. Alternative splicing has been observed and additional variants have been suggested but their full-length nature has yet to be determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that selective breeding for high and low ethanol preference from a genetically diverse HS-CC founder population significantly altered gene expression and network architecture in the nucleus accumbens shell [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367].