Basic Information

Symbol
PCDHB11
RNA class
mRNA
Alias
Protocadherin Beta 11 PCDH-BETA11 ME2 Protocadherin Beta-11 Cadherin ME2 PCDH-Beta-11
Location (GRCh38)
5:141199610-141203779
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018931.3
Sequence length
4153.0 nt
GC content
0.4857

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1338.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1416.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1207.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_018931.3 NCBI
AGACAGAAACAACAAGCCUUCAAGAGGGUGACCUGGAAACCAUUCAACA… 4153 nt 0.4857
Summary

This gene is a member of the protocadherin beta gene cluster, one of three related gene clusters tandemly linked on chromosome five. The gene clusters demonstrate an unusual genomic organization similar to that of B-cell and T-cell receptor gene clusters. The beta cluster contains 16 genes and 3 pseudogenes, each encoding 6 extracellular cadherin domains and a cytoplasmic tail that deviates from others in the cadherin superfamily. The extracellular domains interact in a homophilic manner to specify differential cell-cell connections. Unlike the alpha and gamma clusters, the transcripts from these genes are made up of only one large exon, not sharing common 3' exons as expected. These neural cadherin-like cell adhesion proteins are integral plasma membrane proteins. Their specific functions are unknown but they most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell neural connections. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic cocaine exposure and withdrawal induced profound transcriptional changes in the nucleus accumbens, with the PCDHB11 exhibiting a transient increase in expression specifically during cocaine administration [Eipper-Mains et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2012.00873.X].