Basic Information

Symbol
PCDHGA2
RNA class
mRNA
Alias
Protocadherin Gamma Subfamily A, 2 PCDH-GAMMA-A2 Protocadherin Gamma-A2 PCDH-Gamma-A2
Location (GRCh38)
5:141338760-141512975
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018915.4
Sequence length
4813.0 nt
GC content
0.5574

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1764.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1850.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1571.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_018915.4 NCBI
AAUCCAGCAAUACGGCUCCCACAGCACAAGGGGGUGGAGGUUUGGCCCU… 4813 nt 0.5574
NM_032009.3 NCBI
AAUCCAGCAAUACGGCUCCCACAGCACAAGGGGGUGGAGGUUUGGCCCU… 4548 nt 0.4593
Summary

This gene is a member of the protocadherin gamma gene cluster, one of three related clusters tandemly linked on chromosome five. These gene clusters have an immunoglobulin-like organization, suggesting that a novel mechanism may be involved in their regulation and expression. The gamma gene cluster includes 22 genes divided into 3 subfamilies. Subfamily A contains 12 genes, subfamily B contains 7 genes and 2 pseudogenes, and the more distantly related subfamily C contains 3 genes. The tandem array of 22 large, variable region exons are followed by a constant region, containing 3 exons shared by all genes in the cluster. Each variable region exon encodes the extracellular region, which includes 6 cadherin ectodomains and a transmembrane region. The constant region exons encode the common cytoplasmic region. These neural cadherin-like cell adhesion proteins most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell connections in the brain. Alternative splicing has been described for the gamma cluster genes. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that selection for ethanol preference significantly affected the expression of numerous cell adhesion molecules, including protocadherins, with the PCDHGA2 being part of a protocadherin gene family broadly affected by selection and antisense to a non-coding RNA hub node [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367]. In humans, a separate study analyzing peripheral blood mRNA identified multiple protocadherin gamma family members as differentially expressed with age, establishing a robust age prediction model with a mean absolute error of 6.72 years using a panel of 34 mRNA markers [Liao et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2025.103373].