Basic Information

Symbol
PCGF2
RNA class
mRNA
Alias
Polycomb Group Ring Finger 2 MEL-18 RNF110 ZNF144 Polycomb Group RING Finger Protein 2 DNA-Binding Protein Mel-18 Ring Finger Protein 110 Zinc Finger Protein 144 RING Finger Protein 110 MEL18 TPFS
Location (GRCh38)
17:38733894-38752555
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007144.3
Sequence length
2634.0 nt
GC content
0.5634

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-916.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -962.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 730.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001369614.1 NCBI
GCUUUCACAAACUCCUUUCUUACCGUAGGUUUCUCCCCUCCCGCCGCCC… 2541 nt 0.5608
NM_001369615.1 NCBI
GAGAGCCCGAACAGGAAGAGGGUACAGCUUUGUGCAGGUCACAUGCCCA… 2561 nt 0.5513
NM_007144.3 NCBI
GCUUUCACAAACUCCUUUCUUACCGUAGGUUUCUCCCCUCCCGCCGCCC… 2634 nt 0.5634
Summary

The protein encoded by this gene contains a RING finger motif and is similar to the polycomb group (PcG) gene products. PcG gene products form complexes via protein-protein interaction and maintain the transcription repression of genes involved in embryogenesis, cell cycles, and tumorigenesis. This protein was shown to act as a negative regulator of transcription and has tumor suppressor activity. The expression of this gene was detected in various tumor cells, but is limited in neural organs in normal tissues. Knockout studies in mice suggested that this protein may negatively regulate the expression of different cytokines, chemokines, and chemokine receptors, and thus plays an important role in lymphocyte differentiation and migration, as well as in immune responses. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PCGF2 mRNA was up-regulated 2.52-fold in bone marrow cells 6 hours after a 6.5 Gy whole-body ionizing radiation exposure, as identified by microarray analysis [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389]. This differential expression was part of a broader transcriptional response involving 103 genes, with validation techniques including RT-PCR confirming the microarray data for selected genes, though the specific validation of the PCGF2 was not detailed.