Basic Information

Symbol
PCK1
RNA class
mRNA
Alias
Phosphoenolpyruvate Carboxykinase 1 PEPCK-C Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, Cytosolic [GTP] Phosphoenolpyruvate Carboxykinase 1 (Soluble) Serine-Protein Kinase PCK1 EC 4.1.1.32 PEPCK1 Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, Cytosolic Phosphoenolpyruvate Carboxylase Phosphopyruvate Carboxylase PEP Carboxykinase EC 2.7.11.- PEPCKC PCKDC
Location (GRCh38)
20:57560573-57568121
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002591.4
Sequence length
4320.0 nt
GC content
0.5005

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1474.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1554.48 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1006.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002591.4 NCBI
ACGGCCUUCCCACUGGGAACACAAACUUGCUGGCGGGAAGAGCCCGGAA… 4320 nt 0.5005
Summary

This gene is a main control point for the regulation of gluconeogenesis. The cytosolic enzyme encoded by this gene, along with GTP, catalyzes the formation of phosphoenolpyruvate from oxaloacetate, with the release of carbon dioxide and GDP. The expression of this gene can be regulated by insulin, glucocorticoids, glucagon, cAMP, and diet. Defects in this gene are a cause of cytosolic phosphoenolpyruvate carboxykinase deficiency. A mitochondrial isozyme of the encoded protein also has been characterized. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in pigs demonstrated that cold exposure induces epigenomic changes, with the transcription factor HSF1 identified as a central regulator in the fat tissue of Enshi black pigs, where it positively regulates cold-induced thermogenesis and immune function by targeting genes including PCK1 [Guo et al. DOI:10.1016/j.jgg.2024.06.017].