Basic Information

Symbol
PCLO
RNA class
mRNA
Alias
Piccolo Presynaptic Cytomatrix Protein ACZ KIAA0559 Aczonin Protein Piccolo DKFZp779G1236 Piccolo (Presynaptic Cytomatrix Protein) PCH3
Location (GRCh38)
7:82754012-83162930
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden death from CNS diseases Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033026.6
Sequence length
20284.0 nt
GC content
0.4265

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5310.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -5685.35 kcal/mol
Frequency: 9.96067e-265
Diversity: 5598.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_014510.3 NCBI
AGAUCUGCUUCUCCCCGGCUCGGGGCGCCGAGGCGGCGUCCGGGAGGUG… 17101 nt 0.4461
NM_033026.6 NCBI
AGAUCUGCUUCUCCCCGGCUCGGGGCGCCGAGGCGGCGUCCGGGAGGUG… 20284 nt 0.4265
Summary

The protein encoded by this gene is part of the presynaptic cytoskeletal matrix, which is involved in establishing active synaptic zones and in synaptic vesicle trafficking. Variations in this gene have been associated with bipolar disorder and major depressive disorder. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PCLO was a hub node among prefrontal cortex differential wiring genes enriched in synapse part annotation and is a regulator of behavioral plasticity and dopamine transporter internalization [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155]. In a separate mouse model of severe burn injury, the PCLO was one of three genes found to be consistently differentially expressed in burn samples across all examined time points, where it is mainly reported in nervous system diseases and predicting poor prognosis in cancers [Wu et al. DOI:10.007/s10753-019-00984-5].